werd in 1545 te Zoller in het land van Gulik als zoon van Engelberts Puts geboren. Eerst ging hij in Emmerik ter school, maar vervolgens studeerde hij aan de universiteit te Heidelberg, waar Zacharias Ursinus hem, toen hij de schoone geestesgaven van den jongen student leerde kennen, schertsend den naam Fontanus gaf.
Onder de leiding van Ursinus voltooide hij op 23-jarigen leeftijd zijn academische studiën en werd hij doctor in de theologie. In 1568 werd hij predikant te Neuhaus in de Paltz, waar hij tevens als professor optrad, tot bijzondere tevredenheid van den keurvorst Frederik III van de Paltz.
Na den dood van dezen werd hij echter met vele anderen door den Luthersch-gezinden Lodewijk VI uit de Paltz verdreven. In 1577 trok hij als veldprediker bij de troepen van keurvorst Hans Casimir de Nederlanden binnen, waar hij vooral voor de Arnhemsche gemeente meermalen optrad.
Hier won hij ook de toegenegenheid van Gelderlands stadhouder Jan van Nassau, met wien hij later in correspondentie bleef. Eerst bij leening, straks als gewoon en vast predikant werd Fontanus weldra aan Arnhems kerk verbonden, hoewel hij aanzienlijk in tractement achteruitging en daardoor meermalen in geldnood zat.
Voor een beroep in 1590 naar Leeuwarden, hoewel hem een hooger tractement werd aangeboden, bedankte hij echter. Onvermoeid was hij in het prediken.
Geheele bijbelboeken werden door hem in vervolg-preeken behandeld, waardoor Arnhems kerk steeds meer in Gereformeerde banen geleid werd en sterk in zielental wies. De eerste Geldersche synode van 1579 werd door Fontanus gepresideerd.
In 1581 werd hij ter Generale synode te Middelburg afgevaardigd.
Zelfs poogden hij en zijn mededienaren van Gelderlands hoofdstad een klein Genève te maken.
Ook op het schoolwezen was zijn invloed belangrijk. In 1591 kwam er vooral door zijn energie te Arnhem een gymnasium.
Als een der eerste curatoren trad hij van Harderwijks hoogeschool op. In 1581 was Fontanus tot inspecteur over de Over-Veluwsche kerken benoemd, in welke kwaliteit hij het werk der Reformatie in heel Gelderland krachtig ter hand nam.
Rusteloos was hij bezig in Gelderland de Hervorming te bevestigen. Veel arbeid heeft hij daaraan ten koste gelegd.
Hoe Roomsch de provincie nog was, bleek wel uit het groot aantal dusgenaamd tot de Hervorming overgegane pastoors, die openlijk de oude leer aanhingen in een wonderlijke dooreenmengeling van Roomsche en Evangelische gebruiken. Fontanus was het, die te Nijkerk de Reformatie invoerde (1593—’94), die aan den Veluwe-zoom met schouteknechts en metselaars de beelden, de altaren, de „sacramentshuisjes”, enz. kwam „demolieren” (1599).Dat een groot deel der Geldersche predikanten op het einde der eeuw tot het latere Remonstrantisme neigde, zag hij met smart, gelijk hij in 1582 in een brief aan Jan van Nassau zich beklaagde over het optreden van Caspar Coolhaas te Leiden. Het handhaven van de tucht, de bestrijding der pauselijke superstitie geschiedde op aansporing van Fontanus. Hij deed den Raad het dansen op bruiloften verbieden, het instellen van gezondheden bij de maaltijden; hij bond den strijd aan met den Arnhemschen lombardhouder en ging de vermakelijkheden van den vastelavond te keer. Ook liet hij duivelbanners en toovenaressen straffen, ijverde tegen de Wederdoopers en was tegen het orgelspel in de kerk. Zoo werd, vooral door zijn optreden, aan allerlei wantoestanden een eind gemaakt. Zelfs trad hij in 1610 in Kleef-Gulik reformatorisch op.
In 1607 praesideerde Fontanus den conventus praeparatorius te ’s-Gravenhage. Gelijk we reeds hoorden, zag hij ook in Gelderland door de Remonstrantsche troebelen zijn provincie ernstig bedreigd. Langzaam kwijnde hij nu weg. Nog in 1615 presideerde hij een vergadering van Contra-Remonstranten, maar ontmoedigd en zeer verzwakt keerde hij in Gelderland terug. Op 70-jarigen leeftijd overleed hij (1615).
Twee malen is Fontanus gehuwd geweest, terwijl deze huwelijken met een talrijk kroost werden gezegend.
Hij was een stoer Calvinist. Jehova regnat (de Heere regeert) was zijn zinspreuk. Hij was een ervaren Godgeleerde van zuiver-Gereformeerden stempel, wiens „adviezen een professoraal, soms zelfs dictatoriaal gezag erlangden”. Roomschen, Dooperschen en Remonstranten heeft hij ernstig bestreden. Zijn leven was strengzedelijk.
