zag den 9den Augustus 1603 te Bremen het levenslicht, waar zijn vader Timann Koch stadssecretaris was. Reeds vroeg blonk hij boven zijn medeleerlingen uit.
Aan de Illustre school te Bremen, een soort gymnasium met theologische school, maakte hij groote vorderingen inzonderheid in de oude talen. In de theologie werd hij onderwezen door mannen als Crocius en Martinius, die op de Dordtsche Synode een geheel eigen positie innamen en afkeerig waren van een strenge opvatting van de leer der voorbeschikking.
In 1625 begaf hij zich naar Hamburg om onder leiding van een geleerden Jood zich te oefenen in de geschriften der rabbijnen. In 1626 werd hij student aan Franekers academie.
Hier kreeg hij onderwijs van mannen als Maccovius en Amesius, maar vooral van den beroemden kenner der Oostersche talen Sixtinus Amama, die wat zijn rechtzinnigheid betrof in minder goed gerucht stond. Aan de Franeker academie kwam Coccejus’ groote bedrevenheid in de oude en de Oostersche talen spoedig aan het licht en zelfs professor Vossius zong zijn lof.
In 1629 trok Coccejus naar Leiden en Groningen, waar hij vluchtig kennis maakte met Polyander en den beroemden Gomarus. In 1630 werd hij als opvolger van Martinius aan de Illustre school van zijn geboortestad aangewezen.
Met een schoone en doorwrochte rede ving hij in Bremen zijn professoraat in de bijbelsche filologie (Hebreeuwsch en Grieksch) aan. Hier wierp hij zich op de uitlegging van de bijbelboeken Job en Prediker.
In 1636 echter werd Coccejus tot hoogleeraar in de Hebreeuwsche taal aan de Franeker academie, waar men den knappen student niet vergeten had, benoemd.
Den 7den December 1636 aanvaardde hij zijn ambt.
Hier werd hij tot zuiver-theologische studiën geprikkeld, welke niet onopgemerkt bleven. In 1643 werd hij dan ook te Franeker tot theologisch professor benoemd op een tot f 1400 verhoogd inkomen.
Nu doceerde hij de uitlegging van de Heilige Schrift, terwijl hij ook op leerstellig gebied zich weldra niet onbetuigd liet. Zijn faam was echter ook naar Leiden doorgedrongen en in 1650 werd hij hier tot theologisch hoogleeraar benoemd.
Hij onderschreef het bekende onderteekeningsformulier, maar achtte zich als professor door geen kerk gebonden. Zijn eerste pennestrijd was tegen de Roomschen en de Socinianen gericht.
Onvermoeid gaf hij zijn lessen. Ook in Leiden bleef aanvankelijk zijn rechtzinnigheid onbesproken.
Maar in 1658 begon de rumor incasa, ving de twist, die heel de kerk jaren achtereen in beroering zou houden, aan. Reeds vroeger had Coccejus over de instelling van den sabbath eigenaardige gevoelens verkondigd.
Maar toen zijn ambtgenoot te Leiden, Heidanus, in 1658 dezelfde meeningen openlijk liet verdedigen, deed professor Essenius te Utrecht den eersten aanval op Coccejus.
Nu was de sabbaths-kwestie zelve waarlijk niet nieuw.
Maar in den vromen kring van Voetius te Utrecht maakte men zich bezorgd, dat de te Leiden verkondigde stellingen tot velerlei ontheiliging van den dag des Heeren aanleiding zouden geven. Gelukkig vermaanden de Staten van Holland tot pays en vreê.Maar het geschil bleef niet tot de vraag over den sabbath beperkt. Niet slechts dat Coccejus als Duitscher van afkomst en opvoeding in het Nederlandsche puritanisme nooit is thuis geraakt, hij kwam ook met een nieuwe zoogenaamde foederaal-theologie (verbondsleer) en een wonderlijke, typisch-allegorische schriftverklaring, waardoor heel het Gereformeerde leer-systeem tot in de grondslagen werd ondermijnd. Voetius opende nu op dit punt den strijd en viel Coccejus over zijn verklaring van Rom. 3 : 25, over de volgens dezen onvolkomen vergiffenis onder het Oude en volkomen vergiffenis onder het Nieuwe Verbond, openlijk aan (1665). Hij sprak zelfs van de leugenachtige en gevaarlijke uitlegkunde van den Leidschen professor Coccejus. Ook kreeg deze het te kwaad met den Groninger hoogleeraar Maresius, die hem een gevaarlijken nieuwigheidszoeker heette (1662). Zelfs werd beweerd, dat Coccejus de alomtegenwoordigheid Gods loochende.
Zijn vriend Heidanus stond hem in deze voor hem zoo woelige dagen getrouw ter zijde. Den 5den November 1669 overleed Coccejus.
Coccejus was een man van voorname houding, ietwat mundain, maar ontegenzeggelijk een geleerde van den eersten rang. Zijn naam werd een leuze. Bij de Voetianen vond men echter „puriteinsche preciesheit”, bij de Coccejanen niet. Er gaapte weldra tusschen beide partijen een kloof, die niet te overbruggen viel.
De fout van Coccejus school niet hierin, dat hij met nadruk wees op het verbond. Zijn fout was, dat hij in de verschillende perioden van het genadeverbond een wezenlijk verschil in de genade aannam. De geloovigen onder het Oude Verbond verkeerden tot aan de opstanding van Christus slechts in een beperkten toestand van zaligheid. Hij beriep zich daartoe op Rom. 3 :25 en Hebr. 11 : 40 en leerde, dat de zonden slechts met oogluiking onder het Oude Verbond werden voorbijgegaan.
Coccejus’ verbondsleer op zich zelf genomen was dus niet nieuw (denk aan Zwingli, Calvijn, Olevianus, Martinius, den leermeester van Coccejus en aan Cloppenburch, zijn ambtgenoot in Franeker), maar het nieuwe lag hierin, dat hij een bijbelsche geloofsleer wilde geven, in de rangschikking der stof de orde volgde van de bedeeling des verbonds, en op deze wijze het zuiver theologisch standpunt (alles uit en door en tot God) uitruilde voor het anthropologische (de Christen in het middelpunt), ja van heel de geloofsleer een geschiedenis der openbaring maakte.
Voorts was zijn uitlegkundig beginsel zoo willekeurig en grillig mogelijk. In elk tekstwoord van het Oude Testament ontdekte hij Christus. Dit kunststukje gelukte hem slechts door de wonderlijkste schriftverdraaiing en schriftvergeestelijking, door een overvloedig gebruik van de allegorische methode. Van moderne zijde moge men Coccejus bejubelen als den baanbreker van een nieuwe bijbelsche richting en den slooper der overgeleverde kerkleer, voor ons is hij de man, die (misschien zijns ondanks) de Gereformeerde waarheid ten zeerste heeft ondermijnd.
