Het woord gewetensvrijheid (Latijn: libertas consciëntiae) is gevormd uit de beide zelfstandige naamwoorden geweten en vrijheid. Onder geweten verstaan wij het zedelijk bewustzijn van den mensch, waardoor hij zijn eigen overtuigingen en daden naar de ingeschapen zedewet beoordeelt.
Die ingeschapen zedewet is nog een overblijfsel van de schepping van den mensch naar Gods beeld en is dan ook in laatster instantie van den wil en de macht der menschen onafhankelijk. Daaruit volgt dan vanzelf de vrijheid van geweten, d. w. z. dat geen enkel mensch en geen enkele macht van buiten, zelfs geen staat of kerk, geen wetenschap of kunst, geen zeden of gewoonten der volken, maar alleen God, de Heere en Rechter der consciëntie is.
De Roomsche kerk leerde wel, dat haar kerkelijke en politieke wetten met de Goddelijke wetten op één lijn staan en daarom de consciëntie binden, maar dit is in strijd met de Schrift. De wetten, zeden en gewoonten, die in staat en maatschappij, in huisgezin en kerk, in wetenschap en kunst gelden, oefenen wel invloed op de vorming van het geweten, zoodat de een een slecht en bevlekt geweten heeft en zijn consciëntie als met een brandijzer heeft toegeschroeid (Ef. 4 : 2), terwijl een ander een sterk en rein en onergerlijk geweten heeft bij God en de menschen (Hand. 24 : 16).
Maar alleen de Goddelijke wetten binden en verplichten het geweten rechtstreeks en volstrekt. Jacobus zegt (4 : 12): „Daar is een eenig Wetgever, die behouden kan en verderven.
Doch wie zijt gij, die een ander oordeelt?” Geen enkel mensch, zelfs geen staat of kerk, mag als rechter der consciëntie optreden.Om gewetensvrijheid is door onze vaderen tachtig jaren gestreden (1568—1648). „Aanvankelijk” — zegt Groen — „was het den Hervormden om gewetensvrijheid te doen; zij wilden niet langer om Evangelische gevoelens van het leven worden beroofd.” Het ging dus aanvankelijk om gewetensvrijheid in engeren zin, d.i. om de vrijheid van ieder onderdaan om voor zich zelf te mogen gelooven wat men wilde, zonder dat er een inquisitoriaal onderzoek mocht worden ingesteld, of door de overheid gestraft of tot een ander geloof gedwongen mocht worden. „Zij trachtten niet anders dan zich met huisvrouwen en kinderen in het leven te behouden en in vrijheid van consciëntie en van het aanroepen des naams Gods, door den eenigen Middelaar Christus Jezus” (Van Meteren). Maar daarbij bleef het niet. Zij trachtten al spoedig meer gewetensvrijheid te verkrijgen n.l. de vrijheid om zijn geloofsovertuiging ook mede te deelen aan zijn huisgenooten, in den familiekring huisgodsdienstoefening te houden, zijn overtuiging ook buitenshuis te belijden en in het openbaar te verdedigen. Later kwam men zelfs van de gewetensvrijheid (libertas consciëntiae) tot de vrijheid van godsdienstoefening (libertas exercitii). Onder deze laatste toch verstaan wij de vrijheid, dat men niet alleen zijn religie in het privaat voor zich zelf en in zijn familiekring mag belijden, maar ook in openbare kerkelijke samenkomsten en godsdienstoefeningen, door het houden van kerkelijke vergaderingen als dassen en synoden en door publieke geschriften mag verbreiden. Toch waren de Gereformeerden in de 16e eeuw op het punt van de gewetensvrijheid nog niet tot volle klaarheid gekomen.
Zij hadden dit beginsel nog niet klaar en helder doorgedacht. Van Augustinus hadden zij het beginsel overgenomen en in art. 36 der confessie vastgelegd, dat de overheid geroepen is „om te weren en uit te roeien alle afgoderij en valschen godsdienst en het rijk des antichrists te gronde te werpen.” Met deze woorden bedoelden zij, dat aan de wereldlijke overheid de plicht werd opgelegd om afgoderij en valschen godsdienst, waaronder zij in de eerste plaats de Roomsche kerk en voorts elke kerk en secte die met Rome op één lijn stond, desnoods met het zwaard uit te roeien. Zij streden dus wel voor de consciëntieen godsdienstvrijheid der ware religie, d.i. naar hun opvatting de Gereformeerde kerk en godsdienst, maar zij meenden, althans in theorie, diezelfde vrijheid niet aan de valsche religie, d. i. dan wederom naar hun opvatting, aan de Roomsche kerk en aan de secten, die met haar op één lijn stonden, te mogen toekennen. Zij beschouwden de Roomsche kerk als de valsche kerk, ja als het rijk van den antichrist, en die moest, desnoods door het zwaard der overheid worden uitgeroeid. En toch staat er tegenover, dat naar hun eigen uitspraak elke gedachte aan dwang in geloofszaken aan het Calvinisme ten eenenmale vreemd is, dat de brandstapel van Servet in Nederland geen navolging vond, dat volk en overheid hier van het ketterdooden afkeerig waren, en dat in geloofszaken niet het zwaard der overheid, maar de wapenrusting des Geestes moest beslissen. Opmerkelijk is dan ook, dat de overheid zoowel den valschen godsdienst der Roomsche kerk als ook de godsdienstoefeningen der Remonstranten en Mennonieten eerst oogluikend en later min of meer met haar toestemming heeft geduld.
Langzamerhand heeft dan ook de Gereformeerde beschouwing van de gewetensvrijheid een aanmerkelijke wijziging ondergaan. Men vatte ze allengs ruimer op nl. dat de overheid niet slechts aan sommigen, maar aan al haar onderdanen vrijheid moet laten om naar hun overtuiging God te dienen en van alle inmenging in geloofszaken zich moet onthouden. Dit is de zuivere consequentie van de beginselen, welke onze vaderen zelf reeds hebben uitgesproken. „De overheid” — zoo verklaren de Leidsche professoren in hun Synopsis, pag. 624 (langen tijd het standaardwerk der Gereformeerde theologie) — „mag niemand dwingen tot het geloof, dat zij zelve voor waar houdt. Want het geloof moet door overtuiging, niet door dwang komen; niets behoort zoo vrijwillig te zijn als de religie en de innerlijke dienst van God; niets ligt minder op den weg eener Christelijke overheid dan een averechtsche en verkeerde wreedheid, waardoor ze de menschen tot huichelaars maakt en hen dwingt om met den mond te belijden, wat ze met het hart niet gelooven”. Maar als zij niemand mag dwingen, volgt daaruit ook, dat zij iemand, die naar haar overtuiging dwaalt, ook niet mag straffen, want straf is dwang. Zelfs volgt er uit, dat zij als overheid niemand mag beletten God naar zijn overtuiging ook uitwendig te dienen, al zou het naar haar oordeel ook een afgodische dienst zijn.
De overheid en de kerk zijn twee zelfstandige machten, die door God elk op eigen terrein met macht zijn bekleed en niet op elkanders gebied mogen ingrijpen. Zij mag met haar zwaard de onderdanen in geloofszaken niet dwingen. De godsdienst mag niet „met vleeschelijke wapenen” <2 Cor. 10 : 4), maar alleen met de „geestelijke wapenrusting” verdedigd worden (Ef. 6: 12v.v.).
Die gewetensvrijheid is echter niet onbegrensd. Al is het volkomen waar, dat de «verheid aan de consciëntie harer onderdanen vrijheid moet laten om God naar eigen overtuiging te dienen en zich van alle inmenging in geloofszaken moet onthouden, daaruit volgt omgekeerd niet, dat de onderdanen met elk willekeurig beroep op de consciëntie gehoorzaamheid aan de overheid mogen weigeren. De stem der consciëntie is niet het hoogste recht en het einde aller tegenspraak. Zij is niet aan de stem Gods gelijk, maar aan het boven haar staand gezag der Schrift onderworpen. Wanneer een dienstweigeraar zou zeggen: mijn consciëntie verbiedt mij aan de oproeping der overheid om in militairen dienst te treden, te gehoorzamen, dan behoeft de overheid niet in elk geval voor die consciëntie-uitspraak te wijken. Wantde consciëntie is aan een hoogeren norm van Gods openbaring in Zijn Woord en Wet onderworpen.
De overheid neme dan ook maatregelen om tegen simulatie (veinzerij) te waken, want juist hier is er groot gevaar, dat iets voor een gewetensbezwaar wordt uitgegeven, dat er niets mee te maken heeft. Meent nu een dienstweigeraar inderdaad, dat de Schrift of de geloofsovertuiging van zijn kring het hem verbiedt, dus dat zijn consciëntie-bezwaar in de Schrift gegrond is, en blijkt dit na onderzoek waar te zijn, dan kome de overheid zooveel dat mogelijk is aan zulke bezwaren te gemoet. Toch blijft de consciëntie aan de boven haar staande zedewet Gods onderworpen. Want dienstweigering is niet zoo onschuldig als ze oppervlakkig lijkt. Afschaffing van militie sluit in beginsel in, afschaffing van justitie en van politie en van de overheid, en zou, consequent doorgevoerd, de omverwerping van heel de rechtsorde in staat, maatschappij en gezin ten gevolge hebben. Daarom moet de overheid er voor waken, dat onder den dekmantel der gewetensvrijheid niet allerlei beginselen insluipen, welke voor de rechts- en staatsorde en voor het leven in staat, maatschappij en gezin gevaarlijk zijn.
