werd als François du Jon 1 Mei 1545 te Bourges in Frankrijk uit een in 1507 tot den adelstand verheven familie geboren. Zijn vader heette Dénys du Jon en zijn moeder Jacobine Hugald of Hugauld.
Hij was hun tweede zoon en had nog twee zusters boven zich. Zijn vader leerde hem lezen en schrijven.
Daarna werd hij op school gedaan en kreeg bovendien privaat-onderricht. Bourges had toen ter tijd een beroemde hoogeschool.
Alciati en Melchior Wolmar, de leermeesters van Calvijn en Beza, hadden hier les gegeven. Op 13-jarigen leeftijd begon Junius hier zijn rechtsgeleerde studiën, terwijl hij het practische gedeelte van zijn onderricht van zijn vader kreeg.
Onder de beoefening der rechten ontwaakte bij hem de voorliefde voor de klassieke talen en geschiedenis; de rechtsstudie kwam niet met zijn lust overeen. Eerst bestudeerde hij nu, dank zij bizondere omstandigheden, onder een zekeren Aneau te Lyon met grooten ijver de klassieken.
Lyon was in die dagen een zedelooze stad, maar Junius wist aan alle verzoeking weerstand te bieden. Wel werd hij hier door de lezing van een werk van Cicero en door den omgang met een vriend, die met Epictetus dweepte, volslagen atheïst.
Een gesprek met een eenvoudigen landman werd het middel om Junius eenigszins tot het geloof terug te brengen. Naar huis teruggekeerd, kwam hij tot oprechte bekeering, vooral door lezing van de Heilige Schrift.Den 17den Maart 1762 kwam hij in Genève, om daar zijn studiën voort te zetten. Calvijn was in die dagen reeds lijdende en stierf den 27sten Mei 1564. Te Genève wijdde Junius zich, onder vele ontberingen, aan de theologie. Hier leerde hij de voornaamste Zwitsersche Hervormers kennen en studeerde hij ijverig. In dezen tijd werd zijn vader op verraderlijke wijze omgebracht.
In April 1565 kwam tot hem een dringende uitnoodiging om de Waalsche Gemeente onder het kruis te Antwerpen in het predikambt te dienen. In Mei 1565 kwam hij in gezelschap van den beroemden predikant Pérégrin delaGrange in de Scheldestad aan, door de Landvoogdes Margaretha van Parma een broeinest der Hervorming geheeten. Spoedig wist hij zich door zijn kunde, welsprekendheid en moedigen ijver een grooten naam te maken. Tal van kleine geschriften (een soort pamfletten), die door het volk verslonden werden, verschenen hier van zijn hand en werden in alle stilte verspreid. Toen door onvoorzichtigheid zijn naam was ontdekt, werd bevel gegeven den schrijver dezer vlugschriften te vatten. Nauwelijks ontkwam hij, dank zij dikwijls Gods providentiëele leiding, aan dreigend levensgevaar.
Soms preekte hij, terwijl de rosse gloed der brandstapels het vertrek met zijn akelig schijnsel verlichtte en kleurde. In het begin van 1566 begon de hage-prediking. De pogingen van Margaretha om deze tegen te gaan, bleven aanvankelijk zonder succes. In dezen tijd werd de Synode van Antwerpen (1566) gehouden, waar ook Junius tegenwoordig was. Ook vertoefde hij in het begin van Juni (1566) te Gent. Helaas, de hagepreek werd in geheel Vlaanderen door den beeldenstorm op den voet gevolgd en hoewel Junius in de sterkste bewoordingen zijn afkeuring te kennen gaf, hield men inzonderheid hem voor de beeldbreking mede verantwoordelijk.
Moeitevolle zwerftochten braken nu voor den moedigen prediker aan. Opnieuw loerde men op hem, maar telkens ontkwam hij op wonderlijke wijze aan groot levensgevaar.
Ook bij Brugge werd door Junius gepredikt, eveneens in Limburg en in het Luiksche (1567), in weerwil dat een hooge prijs op zijn hoofd was gesteld. Natuurlijk ontbrak voor geregelde studie in deze dagen, zoo woelig en vol gevaren, alle tijd.
In April 1567 verliet Junius de Nederlanden om ze met Heidelberg te verwisselen, waar hij door den keurvorst Frederik III van de Paltz vriendelijk werd ontvangen. Hier kreeg hij een aanstelling als leeraar te Schönau, bij Heidelberg gelegen. In dezen tijd vertoefde hij zes weken bij zijn moeder te Bourges. Over Parijs, Sedan en Metz keerde hij in October 1567 in Schönau terug.
Op verzoek van den keurvorst maakte hij nu als legerpredikant den tocht van Oranje mede door Champagne en Lotharingen naar Straatsburg, een voor hem, den man des vredes, zeer droeve tijd. Hierop keerde hij naar zijn gemeente te Schönau terug, waar hij rustig bleef arbeiden tot het jaar 1573 aan den opbouw der kerk.
In 1573 kwam Junius te Heidelberg, om Immanuel Tremelli bij te staan in de vertaling van den Bijbel. Te Schönau had hij zijn geliefkoosde studiën kunnen voortzetten. Junius en Tremelli deden nu samen een uitnemend werk, hoewel door sommigen later gelaakt.
In November 1580 droeg de nieuwe keurvorst, Johan Kasimir, Junius op om de nieuwe gemeente te Otterburg te regelen en te bevestigen. Tot Mei 1582 was hij hier vruchtbaar werkzaam. Daarop trok hij naar Neustadt (de Calvinistische hoogeschool was uit Heidelberg verdreven) om aldaar zijn academische colleges voort te zetten. Een benoeming tot professor primarius te Leiden werd door hem afgewezen. Den 30sten November 1584 werd hij nu tot vast hoogleeraar aan de Heidelberger Hoogeschool benoemd, waardoor zijn woelig leven aanvankelijk tot rust kwam. Met klimmenden lof kweet hij zich van zijn taak.
Zijn werkzaamheid was meerendeels van filologischen en uitlegkundigen aard. Hij volgde in zijn verklaring meestal de analytische methode. Ook heeft hij hier een Hebreeuwsche grammatica bewerkt. Verschillende boeken zagen van zijn hand het licht.
In 1592 werd Junius naar Parijs ontboden en aan Hendrik IV voorgesteld, waar hij met veel onderscheiding werd behandeld. Aanbiedingen werden hem door den koning gedaan. Reeds zou hij met zijn gansche gezin naar Frankrijk reizen, toen hij (op zijn doorreis door Leiden) opnieuw dringend werd uitgenoodigd het professoraat aan de Leidsche hoogeschool op zich te nemen. Frankrijks koning ontsloeg hem van zijn verplichtingen en Leiden zag zijn vurigen wensch vervuld (J. Pannier, Eglise Réformée de Paris sous Henri IV, Paris, 1911, p. 492).
Van de jaren 1592 tot 1602 is Junius hoogleeraar te Leiden geweest. Hij trad hier terstond als professor primarius op en gaf colleges over de inleiding en de exegese der bijbelboeken en over de leerstellige Godgeleerdheid. In 1593 gaf hij een werkje uit: Le paysible Chrestien, waarin hij heel zijn ziel had gelegd. Zelf was hij een zeer irenisch man. Beza verklaarde echter, dat Junius in één hoofdpunt van de Gereformeerde Godgeleerden verschilde, namelijk op het punt der kerk. En een zekere Jacques Anjorrant, een diplomaat, schreef in 1593 aan Beza, dat er in het boekje van Junius dingen voorkwamen, die een beetje twijfelachtig waren (H. de Vries de Heekelingen, Genève pépinière du Calvinisme Hollandais, La Haye, 1924, t.
II, p. 352). Ook is het merkwaardig, dat mannen als Hugo de Groot, Gerardus Vossius, en anderen hem zoo prezen. Dit school niet alleen in zijn uiterst zachtmoedigen aard, maar ook in zijn zeer liberale ideeën over andersdenkenden. H. de Vries noemt hem daarom: eerder Arminiaan dan Gomarist, beminnaar van den confessioneelen vrede (H. de Vries, Genève pépinière du Calvinisme Hollandais, Fribourg, 1918, t. I, p. 73). Toch dacht men er in 1598 sterk aan om hem aan de academie van Genève te verbinden, als hij namelijk liever om gezondheidsredenen Leiden wilde verlaten (H. de Vries de Heekelingen, t. a. p., t. II, p. 249).
In 1596 had Junius een gesprek op een bruiloft (!) te Leiden met Arminius, dat later schriftelijk werd voortgezet en van niet geringe beteekenis is (K. Dijk, De strijd over Supra- en Infralapsarisme in de Gereformeerde Kerken in Nederland, Kampen, 1912, bl. 64—83). Eigenaardig is dat Junius nog in 1602 Arminius als opvolger van professor Trelcatius Sr aan de Leidsche hoogeschool wilde verbonden zien. Op zijn sterfbed, eenige weken later, waarschuwde hij zijn zwager Gomarus ernstig voor Armijn. Ook kenmerkten Junius’ vrienden en leerlingen zich later door een liberale, irenische denkwijze. En eigenaardig is zeker wel, dat zijn zoon en naamgenoot, predikant te Hilligersberg, slechts daardoor in 1609 aan het smadelijk vonnis van afzetting ontkomen kon, doordat hij zelf van te voren zijn mbt ahad neergelegd (Reitsma en Van Veen, Acta, dl III, bl. 357).
Nog kunnen we mededeelen, dat Junius drie jaren lang zich beijverd heeft om de troebelen in de kerk van Utrecht te apaiseeren. Ook dat hij betrokken werd in de zaak van Ds Cornelis Wiggerts te Hoorn. Met de Brownisten kwam hij in dispuut en hij weerlegde hun gevoelens op krachtige wijze.
Den 13den October 1602 overleed Junius te Leiden aan de pestziekte. Junius was geen genie, maar wel een vroom, Godzalig man en een zeer vredelievend man. Hij was voorts een ijverig theologant. De naam „het orakel der theologie te Leiden” past hem niet. Zijn afwijking in de leer aangaande het wezen en den omvang der kerk moet louter verklaard worden uit zijn irenische natuur. Volgens professor H.
G. Kleyn is Junius te rekenen tot de meest gestrenge Calvinisten, onverbiddelijk op het punt der voorbeschikking en der souvereine genade. Wel acht hij hem te zacht om rechtstreeks vruchtbaar in te grijpen (Theologische Studiën, Utrecht, 1891, bl. 276—285).
Junius voerde een uitgebreide correspondentie. Professor Scaliger, professor te Leiden, een verwaand geleerde, goot zijn gal over Junius uit, maar aan dit door haat ingegeven oordeel hechte men weinig waarde.
Junius is vier malen gehuwd geweest.
Een volledige lijst van al zijn werken vindt men bij Fr. W. Cuno, Franciscus Junius der Aeltere, Amsterdam, 1891, S. 235—285.
