of François Goemaere werd den 30sten van Louwmand 1563 te Brugge geboren. Zijn vader heette Franciscus Gomarus en zijn moeder Johanna Moermans.
Eerst bezocht hij de Latijnsche school in zijn geboortestad, maar in 1578 moesten zijn ouders uit vrees voor vervolging naar de Paltz uitwijken. Nu zonden ze hem naar het gymnasium van Jean Sturm te Straatsburg, dat vele leerlingen, uit alle landen van Europa samengestroomd, heeft geteld.
Sturm, een groot vereerder van Calvijn, zal ook den jongen Gomarus met diepen eerbied voor den reformator van Genève hebben vervuld.Vervolgens studeerde Gomarus te Neustadt onder leiding van de hierheen verbannen Heidelberger theologen Franciscus Junius, Zacharias Ursinus, Hieronymus Zanchius en Daniël Tossanus, allen streng-Calvinistisch. Toch bleef Gomarus hier slechts kort en begaf zich in 1582 naar Engeland, waar hij te Oxford onder den geleerden puritein John Rainolds en te Cambridge onder William Whittaker studeerde. Ook gaf hier les de beroemde William Perkins, een krachtig voorstander van de praedestinatie-leer. In Cambridge werd Gomarus in 1584 tot magister in de wijsbegeerte bevorderd. Van 1584 tot 1586 zat hij opnieuw aan de voeten van de Heidelberger theologen, die volgens sommigen nog den meesten invloed op hem hebben uitgeoefend.
Weldra tot den dienst des Woords toegelaten, diende hij van 1587 tot 1593 een Neder-duitsche vluchtelingenkerk te Frankfort a/d Main. Hij arbeidde hier ijverig en getrouw, wees een beroep naar Arnhem van de hand, gaf in 1592 een herdruk van een werk van Marsilius van Padua met tal van aanteekeningen uit, maar zag zijn gemeente in 1593 langzamerhand (dank zij de onvriendelijke houding der stadsregeering) verloopen, zoodat hij een tijdlang predikant was „buiten vasten dienst zijnde”.
Den 25sten Januari 1594 ontving hij echter (waarschijnlijk op aanbeveling van zijn zwager professor Junius) de benoeming tot derden theologischen hoogleeraar aan de Leidsche Universiteit op een jaarwedde van achthonderd gulden. Eerst promoveerde Gomarus nog te Heidelberg en den 8sten Juni 1594 hield hij zijn openingsrede, waarin hij duidelijk van zijn Gereformeerde gevoelens blijken gaf. Ook nam hij aanvankelijk hier het predikambt in Leidens kerk waar (zij het gedeeltelijk), maar na 1606 wijdde hij zich uitsluitend aan zijn hoogleeraarschap. In de jaren 1597 en 1598 trad hij als rector op. Aangaande hem kon meermalen gerapporteerd worden, dat hij altijd zijn colleges waarnam. Eerst behandelde hij met zijn studenten den brief aan de Romeinen, later het Evangelie van Johannes en den brief aan de Filippenzen. Naar toerbeurt leidde ook hij de disputatiën, waarvoor de hoogleeraren zich geducht voorbereidden.
De eerste jaren van zijn hoogleeraarschap verliepen zonder twist. Wel bekampte hij de Socinianen, maar met zijn beide collega’s Junius en Trelcatius Sr kon hij het goed vinden, in 1599 werd hij door de Zuid-Hollandsche Synode tot herziener van den door Cornelii en Helmichius te vertalen Bijbel benoemd.
Helaas, het pestjaar 1602 raapte eerst Trelcatius, daarna Junius weg. Op ’t graf van den laatste hield Gomarus de lijkrede. De vraag rees nu: wie zullen de open-gevallen plaatsen weer innemen ? De benoeming van Arminius werd door Gomarus ten zeerste gevreesd. Een onderhoud van dezen met Heeren Curatoren der Hoogeschool leidde tot geen resultaat, omdat Gomarus niet rondweg voor zijn gevoelen durfde uitkomen. Arminius werd dan ook benoemd. Wel moesten Curatoren toestaan, dat mede in tegenwoordigheid van kerkelijke deputaten een conferentie over de leer tusschen Gomarus en Arminius zou plaats hebben. Maar Arminius, bekend om zijn „schalckheyt”, gaf eenige voldoening en na in 1603 onder Gomarus gepromoveerd te zijn, aanvaardde hij in September van dit jaar zijn hoogleraarsambt.
In 1604 zou echter de strijd beginnen. In zijn private colleges kwam genoeg aan den dag, hoe Arminius dacht, inzonderheid op het stuk der voorbeschikking. Natuurlijk hield hij zich zoo lang mogelijk orthodox, maar naar aanleiding van een academische disputatie (7 Februari 1604) over de praedestinatie-leer, slingerde Gomarus aan Arminius zijn stellingen als in ’t aangezicht (31 October 1604). Toen echter in 1605 de kerken bij de Curatoren aandrongen op een ronde verklaring van de zijde der theologische hoogleeraren, deelden de Curatoren mede, dat bij de hoogleeraren geen geschillen in ’t fundament van de leer gevonden werden. Ook namens Gomarus werd deze verklaring afgelegd, waarom sommigen vermoeden, dat hij tot zwijgen gedwongen werd; anderen meenen, dat hij een innerlijken afkeer van twisten had. Toch is het jammer, dat we den kloeken strijder hier zoo zien optreden. In 1608 stonden Gomarus en Arminius beiden voor „den Hove van den Hoogen Raad”, bij welke gelegenheid Gomarus deze verklaring aflegde, „dat hij voor zich niet met Arminius’ gevoelen voor Gods rechterstoel zou durven verschijnen”.
Den 30sten October 1608 stond Arminius en den 12den December 1608 stond Gomarus weer voor den Hoogen Raad. Nu beschuldigde hij Arminius van Pelagianisme en zelfs van Jezuïetisme. Ook keurde hij zeer de bedekte wijze af, waarop Arminius zijn gevoelens deed ingang vinden.
Nu werd er in 1609 een conferentie tusschen beide mannen gehouden (echter zonder resultaat), maar den 19den October 1609 overleed Arminius. Hoewel besloten werd, dat niets in de te houden lijkrede tot smaad van Gomarus mocht strekken, wist Bertius, die de oratie uitsprak, zich toch niet te beheerschen. Een felle pennestrijd ontvlamde.
Toen de Heeren Curatoren de opengekomen katheder ten slotte door Vorstius van Steinfort wilden doen innemen (in weerwil dat Gomarus vrij heftig diens gevoelens had bestreden), vroeg Gomarus ontslag als hoogleeraar en begon hij de ouders der studeerende jeugd voor Leidens School te waarschuwen. In 1611 zien we hem nu als predikant te Middelburg, terwijl hij aan het pas opgerichte Collegium Theologicum les gaf in de Hebreeuwsche taal en in de Godgeleerdheid. Jammer is, dat Gomarus hier tegenover den toch wel zachtmoedigen Walaeus al te scherp is opgetreden, al pleit voor hem, dat hij hierover in latere jaren amende honorable heeft gedaan. In 1615 toog Gomarus naar de Universiteit te Saumur, waar in die dagen de bekende Hugenoot Du Plessis-Mornay vertoefde. In 1618 werd hij echter hoogleeraar aan de Theologische faculteit te Groningen. Als zoodanig verscheen hij op de beroemde Synode van Dordrecht in 1618—19.
Hier was hij de meest beteekenende onder zijn collega’s. Reeds aanstonds moveerde hij de kwestie, dat er een gerucht liep, dat sommigen twijfelden aan het oppergezag der Generale Staten en deze Synode niet voor wettig hielden; maar onmiddellijk werd verklaard, dat men op geen enkele wijze het gezag der Staten op deze Synode in het dispuut mocht betrekken. Bij de behandeling der vraag, of de Apocriefen zouden vertaald en met den Bijbel tot één boek vereenigd worden, koos Gomarus zeer scherp tegen de Apocriefen positie en bepleitte hij hun verwijdering. Zeer fel was hij tegen het preeken der studenten in de publieke samenkomsten der gemeente.
Gomarus was supralapsariër. Daarom stelde hij voor, de kwestie van het voorwerp der praedestinatie onbeslist te laten. Maar de Praeses verdaagde de kwestie en verwees naar het tijdstip, waarop de te concipiëeren leerregels de revue zouden passeeren. Later heeft Gomarus, zonder discussie, de Canones onderteekend, omdat de Dordtsche leerregels de supralapsarische voorstelling niet veroordeelden. Ook gaven ze niet een wetenschappelijke, maar slechts een populaire uiteenzetting van de leer der praedestinatie.
Toen eens de Engelsche bisschop Gomarus openlijk bestrafte, liet deze zich door den statigen man met zijn hoog-kerkelijken titel niet overbluffen, maar riep hij: „Eerwaarde heer bisschop, hier op de synode moet gehandeld worden niet met gezag, maar met verstand”, met andere woorden: ik zwicht niet voor uw titel, maar slechts voor argumenten.
Vooral met de Bremers kon Gomarus het op de Synode niet eens worden. Toen Martinius, hoogleeraar te Bremen, leerde, dat Christus niet alleen de Uitvoerder, maar ook de Bewerker van onze verkiezing was, sprong Gomarus op, wierp zijn handschoen weg, riep heftig uit: „Ik neem deze zaak op mij”, daagde Martinius uit met het bekende spreekwoord: „Ecce Rhodum, ecce saltum” (toon nu wat gij kunt) en vraagde de Synode om een duel, namelijk met woorden. Martinius ging echter op deze uitdaging niet in en de Praeses liet het incident voor wat het was. Later, over een andere kwestie, ontaardde het debat zelfs in hatelijkheden.
Ook op de Dordtsche Synode werd Gomarus aangewezen tot herziener en wel van het Oude Testament. In de commissie ter beslechting van de zaak van Maccovius kreeg ook Gomarus zitting. Zoo nam hij dus aan heel het Synode-bedrijf op zeer actieve wijze deel en vooral Gomarus stemde meestal niet collegiatim (niet met zijn collega’s samen), maar capitatim (hoofdelijk), een bewijs van de groote zelfstandigheid van inzicht en karakter.
Sedert heeft Gomarus, als hoogleeraar te Groningen, zijn verder leven rustig en toch arbeidzaam doorgebracht. Ook hier nam hij getrouw zijn professuur waar. Vooral op de verklaring van de Heilige Schrift legde hij zich toe. Slechts een enkele maal mengde hij zich in de geschillen van zijn tijd. Zoo verdedigde hij de voorstelling, dat de oorsprong van den Sabbath dagteekende uit de woestijn Sin en niet van de schepping en dat de Christenen den Sabbath hielden niet krachtens het vierde gebod, maar volgens vrije keus der kerk.
Kort vóór zijn dood kreeg Gomarus nog moeilijkheden wegens zijn supralapsarisme. Men beweerde, dat de Dordtsche Synode zijn gevoelen veroordeeld had, iets, waar Gomarus met klem tegen opkwam. Een desbetreffend onderzoek stelde hem in het gelijk.
Drie malen is Gomarus gehuwd geweest. Van geboorte was hij een Vlaming en heftig van karakter, maar of hij juist zoo bizonder twistziek is geweest, wordt sterk betwijfeld.
Volgens professor Knappert was hij geen man voor krakeel, doch meer naar voren geschoven en opgehitst.
Professor Van Dijk zegt van Gomarus: „Natuurlijk is hij door zijn moeilijk en onrustig leven niet bepaald een gemakkelijk en glad salonmensch geworden. Er zijn in het bosch reeds wat oudere boomen, die hier en daar op hun oppervlak knoesten vertoonen. Die knoesten komen er, vermoed ik, ook niet door louter lieven zonneschijn. Jonge boomen in de omgeving kunnen zich nu wel beroemen op hun gave, gladde stammen, maar zij hebben ook niets ondervonden. Zulk een oudere boom is Gomarus geweest.” In elk geval, hij was een rond en vurig Calvinist. En de Remonstranten moesten in 1623 erkennen, dat Gomarus niet eens de voorbarigste is geweest om zich tegen Arminius te kanten; kerkelijke leiders hadden hem voortdurend aangezet zijn collega niet met rust te laten en de wacht te betrekken bij het beginsel.
Zijn onderwijs was grondig, zijn belezenheid was groot, zijn ijver onuitbluschbaar. Hoewel hij meer dogmatisch was aangelegd, heeft hij toch vele uitlegkundige geschriften nagelaten. Tegen den Paus en de Roomsche kerk (de groote hoer) was hij zeer gekant.
Aan de Staten-Vertaling is zijn naam verbonden.
Hij overleed 11 Januari 1641 te Groningen. Zijn meeste werken zijn door een drietal leerlingen na zijn dood uitgegeven.
Daniël Heinsius roemt zijn groote geleerdheid. Maxima cum laude docuit (met den grootsten lof gaf hij college), schrijft Heinsius. Ook Scaliger, de beroemde Leidsche hoogleeraar, bezong zijn lof.
Zij, die zijn Omnia Opera bestudeeren, komen onder den indruk van zijn groote geleerdheid. Zelfs met het tekst-critisch apparaat is hij uitnemend op de hoogte.
In Gomarus bezaten de Gereformeerde kerken en wetenschap een boven velen uitstaand theoloog, wiens naam een program is geworden.
