Geboren te Amsterdam 10 April 1663 uit een aanzienlijk geslacht. Reeds vroeg verloor hij zijn vader, die het predikambt bediend had, en kort, nadat zijn vader overleden was, overleed ook zijn moeder.
De knaap werd nu opgevoed door zijn grootvader Frans Felbier, die den knaap voor den heiligen dienst wilde bestemmen. Franciscus bezocht de Latijnsche school in Amsterdam, eveneens het Athanaeum en ging daarna naar de Leidsche universiteit (1681).
In 1687 werd hij proponent en nog in dat zelfde jaar predikant te Velzen. Daar gevoelde hij zich zeer op zijn gemak en hij sloeg verschillende beroepen naar elders af.
In 1696 nam hij een beroep naar Leiden aan. Omdat hij een geleerd man was, werd hij na den dood van J.
Trigland in 1705 tot diens opvolger benoemd. Hij bleef voor een gedeelte zijn ambt als herder en leeraar nog waarnemen.
Hij aanvaardde zijn hoogleeraarsambt met een redevoering: De Christo unico et perpetuo ecclesiae fu.ndamen.to. Fabricius had ook homiletische gaven.
Daarom werd hem ook de titel van hoogleeraar in de predikkunde geschonken.
Bij het aanvaarden van dat nieuwe ambt hield hij een redevoering getiteld: De oratore sacro.
Hij mocht het derde halve eeuwfeest van de Leidsche academie meemaken en hield als aftredend rector een redevoering getiteld: Oratio in natalem centesimum et quinquagesimum academiae Batavae etc. Het buitenland eerde de groote gaven van dezen geleerde.
De „Engelsche koninklijke maatschappij ter voortplanting van het Evangelie in de Overzeesche gewesten” nam hem in 1726 als haar medelid op.Hij was een veelzijdig geleerde, maar voornamelijk heeft hij op het gebied der kanselwelsprekendheid uitgeblonken. Zijn geschriften zijn niet talrijk. Die hij het licht liet zien, hebben bijna alle betrekking op de prediking. Hij stierf in 1738. Hij was gehuwd geweest met Anna van Teilingen. Hun eenige zoon werd in den bloei zijner jaren door den dood weggenomen.
