(Bisschop Simon) werd den 8sten Januari 1583 uit onbemiddelde ouders te Amsterdam geboren. Door begunstiging van den oud-burgemeester Bennink kon hij op kosten van Amsterdam studeeren en werd hij te Leiden in het Staten-College opgenomen.
Hier bekwaamde hij zich eerst in de wijsbegeerte en vervolgens in de godgeleerdheid. In 1606 werd hij tot magister philosophiae bevorderd.
De theologie beoefende hij onder de hoogleeraren Gomarus, Trelcatius en Arminius. De getuigschriften over hem luidden zeer gunstig.
In den strijd tusschen Gomarus en Arminius koos hij de zijde van den laatste. Hij heette dan ook „Arminij discipel, iae soogkint” en was reeds als student verdacht in de leer.
Tusschen Arminius en hem kwam het tot een innige vriendschap. In 1609 zette hij te Franeker zijn studie voort, waar hij disputeerde met den hoogleeraar Sibrandus Lubbertus.
In 1610 was hij te Amsterdam. Den 17den October 1610 begon hij zijn loopbaan als predikant te Bleiswijk.
Hij was een van de onderteekenaars van de bekende remonstrantie.
In 1611 woonde hij de Haagsche Conferentie bij.
In 1612 werd hij in de plaats van Gomarus tot professor te Leiden benoemd. Deze benoeming viel niet bij allen in den smaak en onder zijn inwijdingsrede gedroegen sommige studenten zich niet behoorlijk.
Al meer kwam dan ook zijn rechtzinnigheid in verdenking. In 1616 viel de bekende Leidsche predikant Festus Hommius hem fel aan.
Zijn professoraat te Leiden was niet de gelukkigste tijd in zijn leven. Van den al heviger woedenden strijd tusschen Remonstranten en Contra-Remonstranten hield hij zich natuurlijk op de hoogte.
Hoewel in 1618 door de Staten van Holland aangewezen om als hoogleeraar-adviseur in de Dordtsche Synode zitting te nemen, is hij niet verschenen. Op den dag van de opening der Synode was hij nog te Leiden, om een afscheidsrede tot zijn studenten te richten.
Nu werd hij echter als Haagsche conferentie-ganger door de Synode geciteerd om rekenschap van zijn gevoelens te geven. Hij verscheen en den 6den December 1618 trad hij aan het hoofd van de andere geciteerden de Synode-zaal binnen, nam plaats vis-à-vis den Synode-voorzitter Bogerman en gedroeg zich geheel als een voorzitter van een soort tegen-synode.
Wtenbogaert had de wijk naar het buitenland genomen, maar de jeugdige Episcopius kon dezen niet als leider vervangen.
In zijn professorale hoogheid zag hij op den Leeuwarder predikant Bogerman laag neer.
Daardoor liet hij zich verleiden tot het aannemen van een zeer prikkelende houding. In zijn eerste rede verschoot hij aanstonds al zijn kruit.
Door het gegoochel met de copieën van deze rede verspeelde hij bovendien veler vertrouwen. Zijn houding was niet slechts moedig, maar bepaald overmoedig, waardoor hij al meer de buitenlandsche afgevaardigden tegen zich en de zaak, welke hij voorstond, innam.Episcopius behoorde tot degenen, die weigerden de acte van stilstand te teekenen en werd daarom als „perturbateur”, als onruststoker verbannen. Den 17den Juli 1619 kwam hij te Waalwijk. In Augustus 1619 ging hij echter naar Antwerpen, waar de Remonstrantsche Broederschap werd gesticht. Episcopius fungeerde nu als buiten-directeur. Aan hem werd opgedragen een „Belijdenis” op te stellen, welke in 1621 werd goedgekeurd. In 1621 ging hij naar Keulen, vervolgens weer naar Antwerpen en na het sluiten van het bestand naar Rouen en Parijs.
Een tijdlang zag hij voor de „Broederschap” de toekomst donker in, al bleef hij hopen op verademing. Onderwijl verschenen er tal van geschriften van zijn hand. In 1625 keerde hij naar Rotterdam terug. In 1628 was hij de eenige directeur der „Broederschap”. In 1629 vertoefde hij te Amsterdam. Tusschen de gemeenten te Rotterdam en te Amsterdam ontspon zich een edele wedstrijd om het bezit van den geleerden Episcopius, een strijd, welke door de Amsterdamsche gemeente gewonnen werd (1632). Hier werd in 1634 het Seminarium der „Broederschap” geopend, waarbij Episcopius als hoogleeraar de openingsrede uitsprak.
Vooral tegen Trigland trad hij nu door geschriften in het krijt. In 1642 sloot hij zijn polemiek met de Roomsche kerk. Den 4den April 1643 overleed hij. Bij zijn begrafenis was de 87-jarige Wtenbogaert tegenwoordig. Als prediker stond Episcopius niet bijster hoog. Groot is zijn beteekenis als verdediger van het Remonstrantisme geweest.
Zijn opvatting was deze : alle menschen konden uitverkoren worden, als ze maar geloofden in Christus, den Verlosser. Op den voorgrond stond bij hem de zedelijke vrijheid van den enkelen persoon. Vooral het Schrift-beginsel werd sterk door hem belicht. Hij pleitte daarom voor het vrije Bijbel-onderzoek en kwam aldus tot een vrije exegese. Open sprak hij steeds zijn gevoelens uit. Ongetwijfeld was hij een van de groote mannen van de „Broederschap”.
