Flagellanten (Lat.: flagellantes = geeselaars; flagella is ons vlegel,ook geesel). Zo noemde men in de 13e tot 15e eeuw de gezelschappen, die Italië, Duitschland en Frankrijk rondtrokken, om door openlijke geselingen vergeving der zonden te verwerven.
Hun ontstaan wordt als volgt opgegeven. Gedurende de twisten tussen de Welfen en Ghibellijnen (in Italië) riep de Dominikaner monnik Rainer in 1260 de inwoners van Perugia ter geseling op. In alle plaatsen verzamelden zich nu op dat voorbeeld mannen en vrouwen van eiken rang en stand, evenals priesters, met kruis en vaandel. Met ontbloot bovenlijf trokken zij rond en geselden zich openlijk tot bloedens toe onder het zingen van boetgezangen. In grote scharen trokken zij in 1261 zelfs de Alpen over naar Oostenrijk, Hongarije en Polen, en vonden ook hier onder het volk veel bijval.
Gedurende den Zwarten Dood van 1348—1350 vertoonden de Flagellanten zich opnieuw in Italië, Frankrijk en Duitsland, evenals in Denemarken en Engeland. Overal trokken zij in scharen processies-gewijze van oord tot oord en werden alom onder klokgelui ontvangen. In Duitsland kwamen zelfs optochten van kinderen voor. Zij maakten zich evenwel op den duur door verstoring van alle burgerlijke en kerkelijke orde bij de overheden en de geestelijkheid zó gehaat, dat de Paus reeds in 1349 hun optochten verbood. Toch konden zij voorlopig nog niet geheel bedwongen worden, totdat ten laatste, toen zij zich bij de kettersche Begharden aansloten, de Inquisitie tegen hen optrad. De laatste sporen van hen kwamen nog in 15e eeuw voor en wel in Duitschland.