Trepanatie is de naam van eene heelkundige operatie op een der beenderen, waarbij een gedeelte daarvan met de boor of zaag weggenomen wordt. Zij wordt vooral toegepast op de beenderen van den schedel, wanneer deze door uitwendig geweld meer dan 6 Ned. streep ingedrukt of inwendige beenschilfers losgeraakt zijn en de hersenen benadeelen, — wanneer vreemde ligchamen, zooals kogels, punten van messen enz., in de hersenen zijn gedrongen en er kans bestaat, deze en tevens dreigende verschijnselen te verwijderen, — en wanneer tusschen de schedelbeenderen en de hersenen of ook in de bovenlagen van deze laatsten groote massa’s bloed en etter zijn opgehoopt. Het instrument, hetwelk men daarbij bezigt, draagt den naam van trepan. en zijn getand uiteinde, op eene cirkelzaag gelijkend, dien van trepankroon.
Het uitgezaagde beenstuk wordt met eene soort van hefboom (tirefond) weggenomen. De trepanatie behoort tot de gevaarlijke kunstbewerkingen, en was te voren veel meer in zwang dan in onzen tijd. Ook het borstbeen heeft men wel getrepaneerd om massa’s etter, daarachter verzameld, uit den weg te ruimen.
