Coccejus (Johannes), een uitstekend Nederlandsch godgeleerde en het hoofd eener kerkelijke partij, werd geboren te Bremen den 9den Augustus 1603, legde zich met ijver toe op de Latijnsche en Grieksche talen en genoot aan de hoogeschool zijner geboorteplaats onderwijs in de wijsbegeerte en de Godgeleerdheid. In 1625 deed hij zich te Hamburg door een geleerden Israëliet de geschriften der Rabbijnen verklaren en zette vervolgens zijne studie voort aan de hoogeschool te Franeker. Toen hij hier reeds een werk over den Talmud uitgegeven en met Sebastianus Pfochenius eene letterkundigen strijd gevoerd had, ging hij naar Leiden, en werd vervolgens in 1630 te Bremen en in 1636 te Franeker tot hoogleeraar in het Hebreeuwsch beroepen.
Nadat hij in 1644 hier den titel van doctor in de godgeleerdheid ontvangen had, ging hij in 1650 als hoogleeraar naar Leiden, waar hij zijne betrekking met grooten roem bekleedde en den 4den November 1669 overleed. Hij is in de St. Pieterskerk begraven, alwaar zijne beeldtenis in wit marmer boven zijne rustplaats prijkt.
Coccejus was voor zijn tijd een zeer vrijzinnig godgeleerde, die zich beijverde, om de Hervormde Kerk van hare schoolsche orthodoxie te bevrijden, om het regt eener van stelsels onafhankelijke uitlegkunde te handhaven , en om alle Christenen tot ware vroomheid op te wekken. Eigenaardig is zijne typische beschouwing van het Oude Testament: Israël in zijne geheele geschiedenis, in zijne wetten en plegtigheden is in zijn oog eene voorafschaduwing van ’t geen bij en door de komst van Christus geschieden zou. Voorts koesterde hij het gevoelen, dat men den inhoud der Gewijde Schriften het best begrijpen kan, wanneer men acht geeft op de verschillende betrekkingen, waarin het menschdom tot God gestaan heeft, — en hieruit ontsproot zijne leer der „Verbonden (het Werkverbond, het Genadeverbond en het Nieuwe Verbond)”.
Tot aan 1658 genoot hjj eene aangename rust. In dien tijd echter werd vooral door zijn ambtgenoot Heidanus, die met hem instemde, zijne meening openbaar, dat de Christen volstrekt niet gebonden was aan de Israëlietische instelling van den sabbath, daar deze slechts eene afschaduwing was van den geestelijken, eeuwigdurenden sabbath der geheele Christenheid. Nu riep men „De Kerk is in gevaar!” en Essenius, Hoornbeek en anderen kwamen daartegen op, Coccejus van onregtzinnigheid beschuldigende; — voorts voerde hij een geduchten strijd met den hoogleeraar Gybert Voetius over de beteekenis der Grieksche woorden die volgens Coccejus eene „volkomene en eene onvolkomene vergiffenis” betekenen — Eindelijk voerde hij een pennestrijd met Samuël Maresius, hoogleeraar te Groningen, die hem van Sociniaansche gevoelens beschuldigde.
Geen wonder alzoo, dat er verdeeldheid ontstond in de zoo prikkelbare Nederlandsche Hervormde Kerk. De beide partijen noemden zich Coccejanen of „lieden van de nieuwe studie,” en Voetianen of „lieden van de oude studie”, en het duurde geruimen tijd voordat de vrede gesloten was.
Coccejus heeft zich door zijne grondige kennis van de Grieksche en Oostersche talen ongemeen verdienstelijk gemaakt jegens de Bijbelsche uitlegkunde. Zijne godgeleerde geschriften zijn gezamenlijk te Amsterdam van 1673 tot 1675 in 8 deelen in folio en later nog 2-maal uitgegeven. Daartoe behooren onder anderen: „Summa doctrinae de Foedere et Testamento Dei (1648 en later bij herhaling)”, — „De ultimis Mosis verbis (1650)”, — „Psalmi et verba Davidis extrema (1660)”, — en „Lexicon et commentarius sermonis Hebraici et Chaldaici Veteris Testamenti (1669 en later bij herhaling)”, alsmede eene reeks van uitlegkundige geschriften over verschillende boeken van het Oude en Nieuwe Testament. Er bestaan van hem onderscheidene afbeeldingen, alsmede heeft men 2 gedenkpenningen ter zijner eere vervaardigd. — Zijn zoon Jan Hendrik Coccejus, overleden in 1712, was griffier van de leenen van Holland, en heeft zich door de uitgave der werken zijns vaders en door het verdedigen van dien goeden naam zeer loffelijk gekweten.
