Camphuys (Joannes), gouverneur-generaal van Nederlandsch Indië, werd geboren te Haarlem in 1634 en door zijne ouders bij een zilversmid te Amsterdam in de leer gedaan. Het gelukte hem echter, om als adsistent in dienst te komen bij de Oost-Indische Compagnie en vertrok met het schip „Lastdrager”, dat weldra schipbreuk leed, zoodat hij in het Vaderland terugkwam. In 1654 volbragt hij echter de reis met het schip „De Draak”, en werd weldra door den gouverneur-generaal Joan Maatsuyker op de secretarie geplaatst.
Nu klom hij spoedig op en zag zich in 1671 benoemd tot opperhoofd van Japan, welken post hij daarna nog 2-maal bekleedde, werd daarna geheimschrijver van de Hooge Indische regéring, in 1673 buitengewoon en in 1631 gewoon raad van Indië, terwijl hij den 2den Maart 1684 zeer toevallig tot gouverneur-generaal gekozen werd. Hij was namelijk de jongste der gewone raden en niet zeer bemind bij zijne ambtgenooten, omdat hij zijn tijd liever aan de wetenschap, dan aan hun gezelschap wijdde, zoodat elk der stemmende raden dacht: „dat geen der overigen op Camphuys zou stemmen”.
Laatstgenoemde aanvaardde zijne betrekking, verkreeg de vrijheid der Nederlanders, die bij het verlies van Formosa in Chinésche slavernjj waren geraakt en had met vele moeijelijkheden te worstelen, zoowel wegens de onderlinge oorlogen der inlandsche hoofden als wegens de aanslagen der Engelschen, en niet het minst met den tegenstand zijner voormalige ambtgenooten, vooral wegens de benoeming van een baljuw van Batavia. Zijn gedrag werd echter in Nederland door de Kamer van Zeventienen goedgekeurd. Gedurende zijn bewind ontving hij een gezantschap van den Keizer van Abessinië met rijke geschenken.
Camphuys vroeg wegens zijne zwakke gezondheid in 1690 zijn ontslag, hetwelk hij op hoogst eervolle wijze verkreeg, daar men hem in de keus gaf, om naar Europa terug te keeren of op Java te blijven, terwijl hem in dit geval eene lijfwacht werd toegekend van een vaandrig, sergeant en 12 man — alles ten koste der Compagnie. In 1691 droeg hij met groote plegtigheid zijn ambt over aan Willem van Outshoorn en betrok een landhuis, dat hij op Java aan den weg van Batavia naar Jacatra had doen bouwen. In zijn tuin kweekte hij er de zeldzaamste gewassen, en op het eilandje Edam, hetwelk hem toebehoorde, had hij een huis in Japanschen trant doen verrijzen, waar hij allerlei dieren bij elkaar bragt. Ook was hij een ijverig verzamelaar van Japansche kunstwerken. Hij overleed op zijne buitenplaats den 18den Junij 1695.
Hij onderscheidde zich door zijne eerlijkheid, regtvaardigheid, omzigtigheid en liefde voor de wetenschap. Op zijn last reisde Engelbert Kampher naar Japan en zag zich in staat gesteld om zijne merkwaardige beschrijving van dat land uit te geven, doordien Camphuys hem alles schonk, wat hij daarover in den tijd van 20 jaar verzameld had. Aan den predikant Valentijn leverde hij het verhaal van de stichting van Batavia, en men heeft het aan hem te danken, dat het „Kruidboek” van George Everard Rumphius (8 dln t° met platen) behouden gebleven en in het licht verschenen is. Hij had namelijk een afschrift van het werk en copieën van de platen doen vervaardigen alvorens die geleerde met het schip „Waterland” naar Europa vertrok, welk vaartuig door eenige Fransche schepen in den grond geschoten werd.