De Zaïre ontspringt als Lualaba in Shaba, op 1500 m hoogte en vloeit noordwaarts tot de Stanley Falls bij Kisangani. Vanaf daar heet de rivier de Zaïre en stroomt eerst in westelijke, vervolgens in zuid-zuidwestelijke richting naar Kinshasa.
De benedenloop doorstroomt het Kristal Gebergte. Tussen Kinshasa en Matadi wordt de bedding gevormd door een nauwe vallei met een verval van 260 m over 350 km (Livingstone-watervallen); de Zaïre is hier onbevaarbaar. Voorbij Matadi is de rivier breed en diep; met een brede trechter stroomt zij uit in de Atlantische Oceaan. De Zaïre is 4600 km lang en heeft een stroomgebied van 2,7 mln. km2. De belangrijkste zijrivieren zijn de Kwa (de samenvloeiing van de Kwango en de Kasaï), de Ubangi, de Aruwimi, de Lomami en de Luapula. De vele watervallen leveren veel hydro-elektrische energie.
