Gravend archeologisch onderzoek heeft zich gericht ten eerste op de ouderdom en vorm van de kloosterkerk, de naastgelegen en oudere parochiekerk, de terplagen eronder en het omringende grafveld; ten tweede op de ouderdom en ruimtelijke ontwikkeling van Dokkum als geheel en de Hoogstraat in het bijzonder (& Handelsterp, resp.
Hoofddorp). In 1954 vond onderzoek plaats naar de abdijkerk en de terplagen eronder. De pas in 1832 afgebroken toren bleek van kloostermoppen opgetrokken te zijn geweest en buitenmuurs maximaal 11 bij 11 meter te hebben gemeten. De bouw ervan werd in de 13e eeuw geplaatst. Van de abdijkerk, die overigens als kapittelkerk werd gebouwd, restte een keienfundering, waarvan het meest westelijke deel en een groot deel ter hoogte van de overgang van koor naar schip konden worden blootgelegd. Het schip van de eenbeukige met bescheiden dwarspanden uitgevoerde kerk was maximaal 12,5 meter breed en meer dan 33 meter lang. De zijbeuken, waarvan alleen de noordelijke voor de opgravers toegankelijk was, hadden aan de oostzijde halfrond gesloten altaarnissen. De sluiting van het versmalde koor kon niet volledig worden opgegraven. De westgevel omvatte een oudere toren of een westportaal. H. Halbertsma plaatste de bouw van deze tufstenen kruiskerk met een totale lengte van meer dan 45 meter in de late 11e eeuw, de bouw van een groter koor in de 13e eeuw.
De terp waarop de kerk was opgericht bleek te bestaan uit een in een maal opgeworpen plaggenlaag, denkelijk de ‘tumulus' die volgens de bronnen vlak na de dood van Bonifatius is opgeworpen. Bij onderzoek in 2007 bleek dat het koor van de abdijkerk twee keer in baksteen is uitgebreid: in de (waarschijnlijk vroege) 13e eeuw en, waarschijnlijk na een brand, nogmaals in de late 13e, mogelijk vroege 14e eeuw. Waarnemingen aan het grafveld leren dat nog veel begravingen aanwezig zijn en dat het grafveld zich in noordelijke richting zo ver uitstrekt als tot onder en voorbij de huizen aan de Anjeliersstraat.
Halbertsma groef in 1966 en 1967 opnieuw in Dokkum, ditmaal binnen de Martinuskerk, waar hij iets meer dan de helft van de keienfundering van een kleine ooit uit tufsteen opgetrokken kerk blootlegde. Deze parochiekerk, uitgevoerd met een versmald en rechtgesloten koor, was iets meer dan 16,5 meter lang en 5,5 meter breed en dateerde mogelijk uit de vroege 11e eeuw. Ook onder dit fundament lagen net als onder de abdijkerk begravingen in boomstamkisten, waarvan de oudste uit de late achtste eeuw bleken te dateren. Ten westen en in het verlengde van de zuidmuur van deze kerk werden de resten van twee zware eiken palen aangetroffen, waarvan een in het begin van de tiende werd gedateerd. Misschien horen deze bij een van de houten voorgangers van de tufstenen kerk. Tijdens dit onderzoek kon ook de zuidelijke muur van de zijbeuk van de kapittel/abdijkerk worden bestudeerd.
In 1984 werden tijdens een noodopgraving ten westen van de Martinuskerk geen resten van de kerken aangetroffen, maar wel veel begravingen, waarvan de oudste uit de negende en tiende eeuw zouden dateren. Tevens bleek dat de oude terp in de 11e eeuw tot circa 2,5 meter (3 meter NAP) hoogte is verlaagd. De oudste begravingen reikten tot 1,80 meter NAP. In ditzelfde jaar werd een laat-middeleeuwse put gedocumenteerd, aangelegd op de lengteas van de abdijkerk, die als ‘Bonifatiusput' bekend raakte.
Booronderzoek door RAAP wees in 1998 uit dat de oudste graven naast het koor van de Martinuskerk iets dieper reiken (tot 1,50 meter), evenals de natuurlijke ondergrond (circa 10 i.p.v. 50 cm. boven NAP). Halbertsma (1960-61) duidde deze daling als een helling naar een voormalige brede stroom. De ruimtelijke indeling en het reliëf maken het waarschijnlijk dat de Hoogstraat, waaraan ooit het raadhuis annex de waag stond, net als in Leeuwarden ook in Dokkum de oudste straat is. Deze hypothese kreeg in 2002 een belangrijke ondersteuning. Toen kon namelijk worden vastgesteld dat alle bewoningslagen die ten westen van de Koningstraat boven de 1 meter +NAP liggen, laatmiddeleeuws zijn.
Deze datering en het feit dat de lagen in westelijke richting flink dalen, leidde tot de conclusie dat de bewoning aan de Koningstraat pas rond 1450 kan zijn ontstaan, klaarblijkelijk op de (voormalige) achtererven van de Hoogstraatbewoners. In 2005, tijdens de archeologische begeleiding van een sanering aan de Bargemarkt, werd vastgesteld dat zelfs daar de bewoningslagen in de richting van de nabije Hoogstraat nog steeds iets stijgen. Hieruit mag worden afgeleid dat de kern van de terp inderdaad onder de Hoogstraat te zoeken is. De volle middeleeuwen bleven buiten beeld, omdat de sanering niet dieper ging dan het 13e-eeuwse niveau. De oudste huizen aan de Hoogstraat bleven ook buiten bereik, maar waren wel al in 1949 even in beeld gekomen tijdens de aanleg van een riool. Toen werd vastgesteld dat de rooilijnen van de aangetroffen houten, ongetwijfeld middeleeuwse huizen dichter op elkaar stonden dan nu.
Zie: Schrijer, E., ‘Dokkum, de Markt', Steekproefrapport 2007-09/08 (2010); Tuinstra, S.J., ‘De Trije Terpen', ARC-Publicaties 146 (2007); Schroor, M. e.a., Geschiedenis van Dokkum (2004) 11-65; Langen, G.J. de e.a. ‘Hervormde kerk', RAAP-briefverslag 1998-949/MW (1998); Sarfatij, H. e.a., ‘Dokkum (…) Markt/N.H. Kerk', Jaarverslag ROB 1986, 70-71; Halbertsma, H., ‘Dokkum', Bulletin KNOB 69 (1970) 33-52; Halbertsma, H., ‘Bonifacius' leveneinde in het licht der opgravingen', Berichten ROB 10-11 (1960-61) 395-444; Giffen, A.E. van, ‘Mededeeling omtrent het systematisch onderzoek', JVT 13-15 (1931) 16-46.