Het per cel uitschakelen van één van de twee geslachtschromosomen bij vrouwelijke zoogdieren
Bij vrouwelijke zoogdieren zijn de genen op het X-chromosoom in tweevoud aanwezig (XX) en bij mannen in enkelvoud (XY). Zonder verdere regulatie zou dit betekenen dat hetzelfde gen bij vrouwen tweemaal zoveel eiwit maakt als bij mannen, wat complicaties kan geven. Dit wordt voorkomen doordat bij vrouwen een van de twee X-chromosomen geïnactiveerd wordt, al vroeg in de ontwikkeling. Het proces staat ook bekend als dosis-compensatie.
Het geïnactiveerde X-chromosoom blijft als heterochromatine in de kern aanwezig, vaak aan de rand, repliceert mee met de celcyclus, zodat ook de dochtercellen het geïnactiveerde X-chromosoom krijgen. Het is onder de microscoop zichtbaar als een sterk gecondenseerde structuur, het zogenaamde Barr-lichaampje.
Welk van de twee X-chromosomen geïnactiveerd wordt (het vaderlijke of het moederlijke), is volkomen toevallig, tenminste bij Placentalia. Het is ook per cel verschillend (maar hetzelfde voor alle dochtercellen van die cel). Dit zorgt voor een mozaïek-patroon van activiteiten van het ene en het andere X-chromosoom over het lichaam van de vrouw. Deze situatie is normaal niet zichtbaar, maar wel bij sommige geslachtsgebonden erfelijke condities zoals bij de mens anhidrotische ectodermale dysplasie, een afwijking van de zweetklieren. Bij buideldieren en Monotremata is het steeds het vaderlijke X-chromosoom dat uitgezet wordt en deze paternale inactivatie geldt ook voor de (extra-embryonale) trophoblast-cellen van alle Mammalia.
Het inactiveren van het X-chromosoom is verwant aan het verschijnsel ouderlijke imprinting. Bij sommige genen wordt door de ouder een van de twee allelen geïnactiveerd, wat een afwijkende overerving veroorzaakt. Zowel ouderlijke imprinting als X-inactivatie worden geëffectueerd door epigenetische mechanismen zoals DNA-methylering.
