Het geheel van mRNAs die op een bepaald moment in een cel, weefsel of organisme aanwezig zijn
Door transcriptie worden eiwitcoderende genen in het DNA afgeschreven en ontstaan transcripten, oftewel messenger-RNAs (mRNAs, boodschapper-RNAs). Ook ribosomale RNA-genen en transfer-RNA-genen worden continu afgeschreven maar deze RNAs worden meestal niet tot het transcriptoom gerekend.
Hoewel in principe elke cel van het lichaam hetzelfde genoom heeft zijn niet in elke cel steeds alle genen actief. De activiteit van genen hangt af van het celtype (in een niercel zijn andere genen actief dan in een hersencel), van de ontwikkeling (sommige genen zijn alleen actief tijdens de embryonale ontwikkeling en worden daarna uitgezet) en van de omgeving (via signaaltransductie worden specifieke genen geactiveerd, waarmee de cel adequaat kan reageren op stimuli zoals een hormoon, een groeifactor of een toxische stof). De verzameling mRNAs (enkele duizenden) geeft dus een actuele indruk van de fysiologische toestand van de cel.
Dat het transcriptoom, in tegenstelling tot het genoom, de activiteit van een cel weerspiegelt wordt in transcriptoom-analyse (“transcriptomics”) door onderzoekers gebruikt om de invloed van allerlei factoren uit te zoeken. Zo kunnen toxicologen aan het transcriptoom afleiden aan welke toxische stof de cel blootgesteld wordt terwijl oncologen aan het transcriptoom zien of de cel een tumorcel is.
In transcriptoomanalyse wordt niet alleen de aanwezigheid van transcripten vastgesteld maar ook hun onderlinge hoeveelheid. Als een gen door een bepaalde conditie sterk opgereguleerd (geïnduceerd), of neerwaarts gereguleerd (geremd) wordt, is dat af te lezen aan de verhouding van de hoeveelheden mRNAs onder de twee condities; deze verhouding (“fold regulation”) is een maat voor de reactie van het gen.
