Enkelstrengs ribonucleïnezuur, onderdeel van het ribosoom, betrokken bij de translatie van mRNA naar eiwit
De verschillende ribosomale RNAs (rRNAs) worden naar grootte onderscheiden met behulp van Svedberg-eenheden, de sedimentatiesnelheid bij ultracentrifugatie. Ribosomen bestaan uit een kleine (SSU) en een grote (LSU) subeenheid. Bij prokaryoten bevat de kleine subeenheid een rRNA van 16S en de grote een van 23S en van 5S. Bij eukaryoten gaat het om resp. 18S, 28S, 5S en 5,8S moleculen. Overigens hebben eukaryoten ook de prokaryotische versies van de rRNAs, namelijk in hun mitochondriën en chloroplasten.
Ribosomale RNAs worden in het DNA gecodeerd door rRNA-genen, die in clusters van meerdere kopieën in het genoom liggen. De mens heeft ongeveer 200 rRNA-genen in vijf clusters. Deze genen zijn onderworpen aan gecoördineerde evolutie, d.w.z. dat ze zeer gelijkend zijn en blijven. De rRNA-genen worden afgelezen door RNA-polymerase I (18S en 28S) en RNA-polymerase II (5S). Prokaryoten hebben één RNA-polymerase voor zowel mRNA als alle rRNAs. Het rRNA heeft geen open leesraam en is niet onderworpen aan translatie.
De rRNA-moleculen kunnen met zichzelf baseparing aangaan. Daardoor ontstaat een “klaverblad”. De sequenties van de complementaire delen zijn zeer constant omdat ze de ruimtelijke structuur van het molecuul bepalen. Daartussen zitten variabele lussen met een hoge mutatiefrequentie. Dit maakt rRNA heel geschikt als fylogenetische merker. Met behulp van een PCR kan men een variabel deel van het rRNA-gen amplificeren dat diagnostisch is voor de soort. Vooral bij bacteriën werkt dit heel goed. De moleculaire taxonomie van Bacteria is helemaal gebaseerd op het 16S rRNA-gen, waarbij 3% of meer verschil in sequentie aangehouden wordt als soortgrens.
