Kenmerkend embryonaal stadium van het fylum Chordata met chorda, neurale buis, kieuwspleten en een postanale staart
De pharyngula is het fylotypisch stadium van de Chordata dat vrijwel alle vertegenwoordigers (van vis tot mens) doormaken. Dat dit stadium in de evolutie zo sterk behouden is gebleven wordt veroorzaakt door het feit dat de diverse ontwikkelingsprocessen in dit stadium sterk samenhangen en aan beperkingen onderhevig zijn. Daardoor zijn er nauwelijks levensvatbare mutaties mogelijk die de ontwikkeling een andere kant op kunnen sturen en blijft de morfologie behouden. Bij de op de pharyngula volgende organogenese neemt de ontwikkelingsbeperking af en is meer variatie mogelijk die leidt tot ecologische specialisaties. De pharyngula wordt ook wel het kikkervisjestadium genoemd.
Bij de meeste gewervelde dieren is de pharyngula alleen in een vroege embryonale fase zichtbaar, maar ongewervelde Chordata van het subfylum Cephalochordata (lancetvisjes) vertonen een soortgelijke morfologie ook in het volwassen leven. Dat ook de mens een embryonaal stadium heeft dat lijkt op een kikkervisje is een sterk bewijs dat wij een gemeenschappelijke voorouder hebben met de vissen. Overigens is de gelijkenis minder groot dan vaak in afbeeldingen getoond wordt. De Duitse evolutiebioloog Ernst Haeckel maakte een plaat waarin hij de morfologische overeenkomsten tussen de pharyngula-stadia van de vertebraten nogal overdreven weergaf.
Het systeem van spleten en bogen in de wand van de keelholte (farynx) was oorspronkelijk een apparaat voor de filtratievoeding. Dit is ook nog het geval bij lancetvisjes en zakpijpen. Bij de vissen zijn de farynx-spleten en –bogen gebruikt (gecoöpteerd) om de kieuwen aan op te hangen. Vervolgens zijn ze bij de hogere vertebraten ingrijpend omgevormd en hergebruikt voor nieuwe functies.
