Amandelvormige gepaarde hersenkern, ventraal onderdeel van het telencephalon, dat veel verschillende typen sensorische informatie verwerkt en emotie-gedreven reacties daarop aanstuurt
De amygdala is een morfologisch goed herkenbare structuur, maar kent feitelijk een zeer heterogene opbouw. Meer dan tien functioneel verschillende celgroepen worden onderscheiden. De heterogeniteit blijkt ook uit de embryologie: verschillende celtypen van het ventraal striatum en het lateraal pallium (onderdelen van het telencephalon) dragen bij aan de vorming. De in de amygdala binnenkomende signalen zijn afkomstig van het neusepitheel, het vomeronasaal orgaan maar ook van de hersenstam, de hippocampous, de thalamus en verschillende onderdelen van de cortex. De uitgaande signalen zijn eveneens aan een groot aantal verschillende hersendelen gericht, o.a. de cortex, de hippocampus en de hypothalamus. De amygdala is voor het functioneren van een dier kennelijk een zeer cruciaal knooppunt.
De amygdala integreert stimuli van verschillende modaliteiten (geuren, feromonen, smaak, geluid, visuele signalen) en zorgt ervoor dat, gebruikmakend van herinneringen, daar een emotionele reactie op volgt, zoals angst, vluchten, agressie, aantrekking, seksueel gedrag, enz. De amygdala wordt wel beschouwd als het “emotionele brein”, het hersengedeelte dat acties voorziet van een emotionele lading.
Uit vergelijkend onderzoek blijkt dat ook de hersenen van reptielen en vogels een amygdala hebben, al is de structuur niet altijd even scherp morfologisch af te zonderen. Waarschijnlijk is de amygdala kenmerkend voor alle Amniota en is ook de werking in de evolutie geconserveerd. Bij amfibieën is een gedeelte van het pallium (de wand van het telencephalon) te homologiseren met de amygdala van zoogdieren, maar de werking is waarschijnlijk beperkt tot de reactie op geuren. Of er in de hersenen van vissen een amygdala-achtige structuur zit is onduidelijk.
