(Korte Kerkstraat 5), oorspronkelijk gewijd aan St.-Jan de Evangelist, werd in 1400, op verzoek van de burggraaf, verheven tot kapittelkerk. Omdat de financiën tekortschoten voor een kapittel, volstond men echter met een college van memorieheren.
De St.-Janskerk is een vrij grote, laat-gotische bakstenen kruiskerk met een vijfzijdig gesloten koor, een pseudo-basilicaal schip en een half ingebouwde slanke westtoren.Van de voorganger, een 14de-eeuwse eenbeukige kruiskerk, zijn vrij diepe en zware funderingen gevonden. De huidige kerk dateert uit de tweede helft van de 15de eeuw. Het koor heeft evenals het schip zijbeuken; deze eindigen met een rechte sluiting. In de noorderzijbeuk van het koor bevindt zich de sacristie, waarvan de verdieping toegankelijk is via een aangebouwde ronde traptoren. Tegen de zuidzijde van het schip staat de rechthoekige Heilig Grafkapel, met een ‘syter’ (schat- en archiefkamer) op de verdieping. De toegangen aan de zuid- en de noordzijde hebben opgeklampte eiken deuren met opmerkelijke houtverbindingen in de vorm van een mensenhoofd, een hart of een vis. Het schip is niet in één bouwfase met de toren gebouwd, de zijbeuken zijn later ter weerszijden van de toren verlengd.
Die toren telt vier, naar boven toe in hoogte afnemende geledingen. De bovenste drie zijn voorzien van korfboognissen, waarvan sommige vorktraceringen van baksteen hebben. In 1629 verwoestte een brand na blikseminslag het binnenwerk van de toren en de kap van de kerk. Het herstel werd in 1634 voltooid. De vijfzijdige traptoren aan de zuidkant van de kerktoren dateert van na de brand, evenals de achtzijdige houten dakruiter op de viering van de kerk. In 1877 werd direct op de omloop van de toren een spits geplaatst.
Deze verving een achtkantige geleding met open lantaarn, die men moest afbreken omdat de toren verzakt was. De jongste restauratie van de kerk dateert van 1978-'82 en werd uitgevoerd onder leiding van architect R. Visser.
Het wit gepleisterde interieur wordt gedekt door lichtblauw geschilderde, houten spitstongewelven met trekbalken en korbeelstellen die van na de brand dateren. De beplanking werd in 1852 vernieuwd. Stenen kruisribgewelven, met nog enkele gebeeldhouwde kraagsteentjes, zijn er in het torenportaal, de sacristie en de zuidkapel. De zuilen in schip en koor en de bundelpijlers van de viering staan op hoge achtkantige basementen en hebben koolbladkapitelen. Deze kapitelen zijn vrij ernstig beschadigd, vermoedelijk door de brand van 1629. In de kerk is een kleinere preekkerk afgescheiden door de orgeltribune en houten schotten.
Jan Oudhuizen maakte in 1670 de rijk bewerkte, eiken preekstoel. De zeskantige kuip heeft ionische zuilen op de hoeken, versierde boogpanelen en een uit gesneden griffioenen samengestelde voet. Uit dezelfde tijd dateren het doophek en een van de herenbanken. Het 18de-eeuwse orgel is afkomstig uit de Noorderkerk in Hilversum en werd hier in 1904 geplaatst. Op het schotwerk tussen koor en dwarsschip zit een schildering uit het midden van de 19de eeuw, waarop de tekst van de Tien Geboden staat. Het schotwerk komt uit de Herv. kerk in het nabije Linschoten en werd hier 1982 geplaatst.
In de kerk liggen veel oude grafzerken, waaronder in het koor die van Charlotte van Brederode, vrouwe van Montfoort (†1529). Ook is er een gebeeldhouwde cartouche met wapens en memorietafel voor de familie Van Wijnbergen, uit het begin van de 17de eeuw.
