Behalve de door ziekte of ongeval veroorzaakte misvormingen worden ook aangeboren misvormingen operatief behandeld. Voorbeelden hiervan zijn: de hazenlip (fig. 25), het gespleten verhemelte, het ontbreken van de anus (atresia ani), de misvormingen der geslachtsorganen en de met elkaar vergroeide of overtollige vingers of tenen . Een ernstige misvorming is de ontwikkelingsstoornis van de wervelkolom, waarbij midden in de rug, meestal in het onderste lendengedeelte, het ruggemerg met zijn vliezen, al of niet door huid bedekt, bloot komt te liggen en naar buiten kan uitpuilen (spina bifida.).
Ook na een geslaagde operatie zijn de levenskansen van hieraan lijdende kinderen gering.Vooral bij het urinestelsel komen aangeboren misvormingen voor. De openliggende blaas (ectopia vesicae) is een ernstig lijden, waarbij de urine voortdurend uit de blaas lekt. Door overplanting van de ureter in de endeldarm kan men de blaas uitschakelen; de urine vloeit dan in de darm en wordt bij de ontlasting geloosd. De nieren kunnen met hun onderpool onderling vergroeid zijn (hoefijzernier). Deze misvorming gaat vaak gepaard met steenvorming, verettering en uitzetting van hetnierbekken. In die gevallen zijn operaties zoals het klieven van de verbindingsbrug of het wegnemen van de zieke helft noodzakelijk.
