Het bestuur over de gezamenlijke gemeenten der Hervormde kerk berust bij de synode. Deze is geen vertegenwoordiging van, maar een bestuur over de kerk.
Zij benoemt dan ook een algemeene synodale commissie, die, tusschen de gewone jaarlijksche vergaderingen, in haar naam de belangen der Nederlandsche Hervormde kerk behartigt. Deze commissie bestaat uit negen leden: n.l. den president, vice-president en secretaris der synode; en voorts drie predikanten en drie ouderlingen, die voor den tijd van drie jaar en, zonder bij aftreding herkiesbaar te zijn, uit de predikanten en ouderlingen en oud-ouderlingen gekozen worden.
Haar taak wordt in art. 70 van het Algemeen Reglement aldus omschreven:„1°. het uitvoeren van alles wat de Synode haar heeft in last gegeven;
2°. het toezicht op de nakoming van alle kerkelijke reglementen en Synodale besluiten ;
3°. het behandelen en beslissen in vorderingen tot vernietiging van in hooger beroep genomen besluiten, gedane uitspraken en genomen beslissingen, overeenkomstig art. 14 en 5 van het Algemeen Reglement;
4°. het toezicht op de administratie der algemeene kerkelijke fondsen, met macht, om, waar de zaak bij uitsrel lijden zou, daaromtrent te doen hetgeen der Synode is;
5°. het houden van zoodanig algemeen toezicht op de administratie van kerkelijke goederen, als haar bij een reglement zal worden opgedragen;
6°. de behandeling der diaconale, alsmede van spoedvorderende zaken, welke tot de bevoegdheid der Synode behooren;
7°. de correspondentie, omtrent alle voorkomende zaken met colleges van kerkelijk bestuur en beheer, met de vanwege de Kerk benoemde Hoogleeraren in de Godgeleerdheid en met de Hooge Regeering;
8°. het beslissen van geschillen over de uitlegging en toepassing van het Reglement op de Algemeene Weduwen- en Weezenbeurs der Nederlandsche Hervormde kerk;
9°. het toezicht op de kerkelijke archieven, volgens het Reglement op de Archieven”.
Zij handelt onder verantwoording aan de Synode. (Zie Algemeen Reglement voor de Hervormde kerk enz., artt. 66—74).
