Na den vrede van Crespy (1544) begon Karel V er over te denken, om zich voor te bereiden tot den oorlog. Het religiegesprek te Regensburg was zonder resultaat gebleven.
Op den rijksdag (1546) werden de gezanten van den Schmalkaldischen bond met hun verlangen, om den vrede te doen voortduren en hun begeerte naar een algemeen christelijk concilie op Duitschen bodem, met gelach afgewezen. De keizer rustte zich uit tot den strijd.
De beide hoofden van den Schmalkaldischen bond Johann Friedrich van Saksen en Philipp von Hessen betuigden te Ichtershausen, dat zij zich niet bewust waren van ongehoorzaamheid jegens den keizer. Het antwoord was, dat zij beiden als meineedige Vasallen in den rijksban gedaan werden.
De paus kondigde den oorlog aan als een kruistocht tegen de ketters. Uit onderschepte brieven bleek, dat paus en keizer besloten hadden tot uitroeiing van de Protestanten.
Binnen korten tijd was er een leger van protestantsche zijde op de been, dat sterker was dan hetleger des keizers. Had men geluisterd naar den raad van Seb.
Schärtlein von Burtenbach en had men zich op Regensburg geworpen, dan was de overwinning aan de zijde der Protestanten geweest, maar de Protestanten wilden de aanvallende partij niet zijn en door hun dralen, besluiteloosheid en oneenigheid gaven zij de overwinning uit hun handen. Plotseling viel Maurits van Saksen, die zelf de evangelische belijdenis was toegedaan, maar die om staatkundige redenen de zijde des keizers had gekozen, in Keur-Saksen.
De keurvorst Johann Friedrich drong hem wel terug, maar toen snelde de keizer te hulp.
Deze trok, na een koenen overtocht over de Eibe, uit Bohemen met een leger, waarvan Alva de bevelhebber was, den zegevierenden keurvorst tegemoet en 24 April 1547 werd deze bij Mühlberg, op de Lochauer heide, na dapperen tegenstand geboden te hebben, verslagen.
De keurvorst werd gevangen genomen. Het doodvonnis was hem al voorgelezen, maar men waagde het niet om het te voltrekken.
Bij de Wittenberger capitulatie 18 Mei 1547 moest de keurvorst al zijn vestingen aan den keizer overgeven en zijn land en keurvorstelijke waardigheid moest hij aan Maurits van Saksen overgeven. Philipp von Hessen gevoelde zich alleen niet opgewassen tegen den keizer.
Hij gaf zich over en werd op voorspraak van zijn schoonzoon Maurits en van Joachim van Brandenburg gespaard. De keizer schonk hem vergiffenis en nu zou hij een „frei, sicher, ehrlich und ungefährlich Geleit” ontvangen.
Bij een gastmaal, dat Alva gaf, werd hij echter gevangen genomen en hij werd 5 jaar lang in verschillende plaatsen gevangen gehouden. Dit duurde tot 1552, toen hij zijn vrijheid terug ontving.
