De keizer riep een oecumenisch concilie bijeen te Efeze in 431. Nestorius had den keizer aan zijn zijde.
De keizerlijke gevolmachtigde was zelfs een persoonlijke vriend van Nestorius. Cyrillus verscheen op het concilie met een groot gevolg van bisschoppen, en een sterke lijfwacht van kerkedienaren.
Toen de legaten van den Roomschen bisschop en de Syrische bisschoppen op zich lieten wachten, opende Cyrillus het concilie met 200 bisschoppen. Nestorius werd veroordeeld, uit zijn ambt gezet en de herroepingsformulen van Cyrillus werden als de ware uitdrukking van het geloof aanvaard.
De Roomsche legaten, hoewel te laat aangekomen, keurden de beslissingen goed maar de keizerlijke commissaris wilde dit niet doen. Evenmin de Syrische bisschoppen, die ook telaat gekomen waren.
Deze laatste hielden nu een tegenconcilie onder voorzitterschap van Johannes, bisschop van Antiochië. Dit concilie excommuniceerde Cyrillus en Memnon.
In Constantinopel stonden onder den invloed van des keizers zuster Pulcheria de monniken en het volk op ten gunste van Cyrillus. De keizer zette nu Nestorius, Cyrillus en Memnon tegelijk af en onderteekende een bemiddelingsformule, opgesteld door Theodoretus.
Cyrillus en Memnon onderteekenden deze formule en bleven in hun ambt, en Johannes onderteekende de veroordeeling van Nestorius. Nestorius trok zich terug en stierf in ellende (432).De dwaling van Nestorius bestond daarin, dat hij de beide naturen in Christus zoozeer van elkander scheidde, dat de eenheid des persoons dreigde verloren te zullen gaan. Daardoor liep het werk van den Verlosser gevaar, want alwat Jezus gedaan heeft als Middelaar, deed Hij als de persoon des Zoons, die een menschelijke natuur had aangenomen. Juist dat gaf aan Zijn werk een oneindige waardij, welke niet bestaan zou hebben, wanneer Hij slechts als mensch Zijn werk had volbracht. De onverzoenlijke Nestorianen vonden een toevlucht in Perzië. Ze wonnen weldra de geheele Perzische kerk voor hun dwaling. Ze bestaan heden ten dage nog.
Ze worden Chaldeeuwsche Christenen genoemd. In Indië noemt men ze Thomas-Christenen naar een hunner leeraars.
