De oude Catholieke kerk met haar eenheid van leer kwam voor moeilijke vragen te staan, toen er haeretici en schismatici opkwamen. Voornamelijk golden deze vragen de kerkelijke handelingen, welke door de ketters hadden plaats gehad en onder deze stond dan weder vooraan de toediening van den heiligen doop.
Wanneer door ketters gedoopten tot de kerk wilden terugkeeren, hoe moest dan over hun doop geoordeeld worden. Konden zij in den weg van boete en berouw weder opgenomen worden, of moesten zulken nog gedoopt worden? Men was over die zaak niet eenstemmig.
In Afrika en Klein-Azië eischte men niet den herdoop, maar den doop, want de doop, door een ketter bediend, gold daar voor geen doop. Zoo oordeelden Clemens Alexandrinus, Tertullianus en Cyprianus en later Athanasius, Gregorius van Nazianze, Basilius, Cyrillus van Alexandrië e. a.
In Rome had men een andere zienswijze. Daar zag men in de ketters gevallenen, maar toch Christenen, men erkende hun doop en men legde degenen, die terugkeerden, alleen de handen op als een teeken, dat zij den Heiligen Geest ontvingen, welken immers de ketters niet konden mededeelen.Voor het eerst ontstond er strijd over deze zaak tusschen Stefanus, bisschop van Rome (254—257) en Cyprianus van Carthago (248—258). De laatstgenoemde nam het standpunt in, dat er buiten de kerk geen zaligheid was (extra ecclesiam nulla salus). Daarom zond Cyprianus een synodaal besluit, dat door vele bisschoppen geteekend was, aan Stefanus. In dat besluit werd de Afrikaansche practijk tot kerkelijke wet verheven. In dien zelfden tijd geraakte Stefanus ook in strijd met bisschop Firmianus van Cesarea en Helenus van Tarsen over dezelfde zaak. Stefanus’ antwoord aan Cyprianus was van uit de hoogte gesteld.
Het primaat van den Roomschen bisschop werd naar voren gebracht en hij dreigde met verbreking der kerkelijke gemeenschap met de Afrikaansche kerken. Daardoor sloten deze zich vaster aan bij de Klein-Aziatische kerken. Door den marteldood van Stefanus werd de zaak niet verder behandeld. Van de gedreigde scheiding kwam niets.
In het begin van de 4de eeuw ontbrandde de strijd opnieuw. De practijk, zooals die in Rome gevolgd werd, was toen al tamelijk verbreid. Het concilie van Arelate 314 bepaalde, dat de doop van een ketter, wanneer die geschied was met de trinitarische formule geldig was en dat bij iemand, die zoo gedoopt was, alleen handoplegging noodig was. Een algemeen erkende practijk was er echter nog niet. De conciliën van Nicea (325), Laodicea (363), Constantinopel (381) waren de meening van Rome toegedaan. Zij wezen alleen enkele secten aan, welker doop niet geldig was, omdat deze waarschijnlijk niet de trinitarische formule bezigden (Montanisten, Eunomianen en Sabellianen).
Toen de Donatisten de tot hen overkomende Catholieke Christenen doopten met een beroep op Cyprianus, gaf de Noord-Afrikaansche kerk haar vroegere practijk prijs (348). Tot een definitieve beslissing kwam het door het optreden van Augustinus, die zijn boek schreef De baptismo. Daarin werd het volgende beweerd: de doop kan ook buiten de kerk plaats hebben, wanneer de trinitarische formule maar gebruikt wordt en de intentie om te doopen voorhanden is. Deze doop heeft een onvernietigbaar karakter, maar zij doet den gedoopte geen nut, zoolang hij buiten de kerk staat. Komt hij later tot de kerk, dan ontvangt hij de handoplegging, opdat daardoor en door gebeden de Heilige Geest hem verleend zou worden. De doop kan nooit herhaald worden.
Gedurende de Middeleeuwen bleef deze dooppractijk gelden. De kerk bediende zich gaarne van deze beschouwing, om invloed uit te oefenen op de ketters, opdat deze zouden wederkeeren in haar boezem. Op het concilie van Trente had men wel eerst bezwaren tegen de erkenning van den doop der Protestanten, maar in Sessio VII werd toch vastgesteld, dat de doop der ketters, mits deze bediend was in den naam des Drieeenigen en met een goede intentie, geldig was. Omdat men bij de Protestanten in twijfel kon zijn omtrent de goede intentie, werden in den beginne de door hen gedoopten conditioneel weder gedoopt, maar dit werd in 1576 al afgeschaft. Heden ten dage geldt nog in Rome de doopspractijk, dat een door een ketter toegediende doop (mits op de rechte wijze geschied) geldig is en dat in zulk een geval het sacrament der boete alleen noodig is.
In de Luthersche kerk hield men zich aan Augustinus’ beschouwingen. Men had daar zelfs geen bezwaar, wanneer in geval van nood een priester een Luthersch kind doopte. Dat vloeide uit de beschouwing van den doop bij de Lutherschen voort.
In de Gereformeerde kerken oordeelde men als volgt: de doop moet bediend zijn met de trinitarische formule en door een dienaar van een belijdende gemeente. Over het persoonlijk geloof van dien dienaar mocht de kerk niet oordeelen.
Natuurlijk is dat tegenwoordig in de Nederlandsch Hervormde kerk anders geworden. Immers die kerk heeft leervrijheid toegelaten. In haar midden zijn predikanten, die de trinitarische formule niet meer gebruiken. Dat schept vele moeilijkheden, welke de zwakke punten zijn in dit kerkgenootschap.
De Gereformeerde kerken spraken over deze zaak op de Generale Synode van Groningen, 1899, art. 116, het volgende uit: de doop van genootschappen, vereenigingen of personen, die formeel met het trinitarisch geloof gebroken hebben en deze breuke ook feitelijk doen uitkomen, zoo dikwijls hun een kind ten doop gepresenteerd wordt, kan niet meer als doop erkend worden. Doch overigens erkent zij iederen doop, hetzij van kinderen of bejaarden bediend, ingeval deze gedoopt zijn in of vanwege een kring van Christenen, door een door zulk een kring geroepen en erkend dienaar des Woords en in naam des Vaders, des Zoons en des Heiligen Geestes.
