was de zoon van Johannes Polyander, die eens scriba was van de Embdensche Synode (1571). Hij werd den 28sten Maart 1568 geboren, het jaar, waarin de banier van onze vrijheid werd opgericht.
Zijn geboorteplaats was Metz in Lotharingen (in Genève was hij later ingeschreven als Iohannes Polyander Metensis). In 1569 nam zijn vader de wijk naar De Paltz en in 1570 was deze dienaar des Woords Emdanae Galiicae Ecclesiae, d. i. van de Fransche gemeente van Emden.
In Emden genoot de kleine Johannes dan ook zijn eerste onderricht. In het jaar 1582 werd hij door zijn vader naar Bremen gezonden.
En den 18den Juni 1586 werd hij aan de Hoogeschool te Heidelberg als student ingeschreven. Hier verdedigde hij op den 9den December 1588 stellingen.
In 1589 was hij in Genève, waar hij den 21sten Augustus 1590 onder Theodorus Beza disputeerde over de voorbeschikking Gods en later onder de la Faye of Fayus over den Middelaar Christus. Deze verdediging van stellingen geschiedde magno cum applauso (met groote toejuiching).Den 8sten of den 15den September 1591 werd hij predikant bij de Waalsche Gemeente te Dordrecht. Hier arbeidde hij avec grand contentement de l’eglise & Dordrecht (met groote tevredenheid van de kerk te Dordrecht). Twintig jaren lang heeft hij deze gemeente met zulk een voorzichtigheid en ijver gediend, dat de kerk daar nauwelijks ooit rustiger en meer gezegende tijden gekend heeft. Den 6den October 1611 trad hij op als hoogleeraar aan de Leidsche Academie. Toen men hem deze benoeming aanbood, gaf hij zeer bescheiden te kennen, dat hij in twintig jaren niets aan scolastica studia (aan wetenschappelijke studie) gedaan had, waarop echter geantwoord werd, dat men zijn gevoel van bezwaardheid meer aan „modestie” (bescheidenheid) dan aan de „waerheit” toeschreef. Ook was hij bereid te verklaren, „te connen en te willen dulden den Remonstranten ende andere, die van ’t gevoelen der vyff articulen syn souden”.
Hij nam dus de benoeming aan, kreeg duizend gulden per jaar tractement, tweehonderd gulden voor huishuur, benevens eenige emolumenten, welke op honderd gulden konden worden gesteld. Zijn optreden als professor te Leiden greep plaats onder toejuiching der welgezinden en tot ontmoediging van hen, wier handen jeukten naar het oprakelen van nieuwigheden.
De man van deftigen huize, met zijn herculische gestalte en zijn zachte, melodieuse stem, met zijn levendigen, scherpen blik, zijn breede borst en gelijkmatigen geest, altijd dezelfde, vermocht de studeerende jeugd henen te leiden tot een soliede studie van de theologie. Op een juiste exegese van de Schrift stuurde hij bij zijn colleges in het Oude- en Nieuwe Testament aan.
Polyander heet een gematigd Calvinist (Knappert). Ook Trigland noemt hem pacis amantissimus vir, een zeer vredelievend man. Als hoogleeraar openbaarde hij in elk geval zijn voorzichtigen aard. Hij was niet tevergeefs leerling geweest van Junius, den schrijver van De Vreedzame Christen. Toch, aldus Dr Sepp, overdrijve men zijn vredelievendheid niet. Het was niemand minder dan Polyander, die een brochure heeft uitgegeven om te bewijzen, dat zijn collega Episcopius niet vrij was van Socinianisme.
Terecht is opgemerkt, dat de verhouding van deze beide collega’s beter had kunnen zijn. De situatie van beide hoogleeraren was trouwens een zeer moeilijke: de studenten te Leiden deden tusschen Episcopius en Polyander een keus bij het volgen der lessen. Inderdaad stoelden zij niet op denzelfden wortel. Was Episcopius een vurig discipel van Armijn, Polyander was bij al zijn vredelievendheid toch een zuiver Contra-remonstrant.
In 1618 werd ook Polyander door de Staten van Holland ter Dordtsche Synode gedeputeerd. Ook Episcopius werd afgevaardigd. Polyander, de plaats van zijn collega ledig ziende, informeerde naar hem. Toen Episcopius in zijn eerste woord tot de Synode sprak van een collatio (conferentie), was het juist Polyander, die zijn waarschuwende stem deed hooren.
Door de Dordtsche Synode werd Polyander tot revisor (herziener) van het Oude Testament benoemd. Op den 31sten December 1618 sprak hij een stichtelijke oratie over Jesaja 52 : 7 uit. Later behandelde hij voor de Synode die teksten, waarin sprake is van „het boek des levens”. Tegen Gomarus bepleitte hij een infralapsarische inkeeding van de Canones. Ook viel hem de eer te beurt in de Commissie voor de redactie der Leerregels plaats te nemen. Hij verklaarde zich op de Synode voor het prediken van studenten vooral omdat het hun de boersche schaamte ontnam.
Hoog stond Polyander in eere bij Louise de Coligny. Hij was het, die in 1625 Frederik Hendrik bij zijn aanvaarding der regeering moest begroeten.
In 1639 werd hij „professor primarius” genoemd. Achtmaal nam hij het rectoraat der Leidsche Hoogeschool waar. In ongeschokte gezondheid leefde hij met zijn collega’s Walaeus, Thysius, Rivetus, Trigland en Spanheim. Stervende sprak hij bij den haard nog over zijn geliefde Academie. Met een schare van geleerden om zijn legerstede scheidde hij in 1646 zóó zacht en kalm uit het leven, dat het voor den mond gehouden spiegeltje zijn heengaan moest doen gelooven (4 Februari).
Polyander was een persoonlijkheid, die op de vele in die dagen aan Leidens Hoogeschool studeerende jongelieden zijn stempel heeft gezet.
Vele werken liet hij na. Hij is mede de schrijver van het bekende boek: Synopsis purioris theologiae, disputationibus 52 comprehensa, 1625.
Hij was een man sine hoste et invidia, die leefde zonder vijand en nijd. Een uitblinkend geleerde was hij echter niet.
