Zoon van Isaak Fruyter, een welgesteld koopman, werd den 5den Juni 1659 te Middelburg geboren en door zijn vader reeds vroeg tot het predikambt bestemd.
Zijn theologische opleiding ontving hij vooral van Melchior Leydekker, met wien hij na diens benoeming tot hoogleeraar naar Utrecht toog en zich aldaar aan de Hoogeschool als student liet inschrijven (1678). Den 15den Mei 1681 werd hij proponent en den 24sten Augustus van dit zelfde jaar predikant te Aardenburg. Hij diende achtereenvolgens de gemeenten te Dirksland (1688), Vlissingen (1691), Middelburg (1695) en Rotterdam (1700). Hier overleed hij na bijna 50-jarigen dienst op den 23sten Mei 1731, 72 jaar oud.
In Middelburg kwam hij openlijk in strijd met de antinomiaansche secte van de Hebreeën van een zekeren Jacob Verschoor. Fruytier bleef echter tegenover deze Spinozistische secte een groote gematigdheid bewaren.
Aan de Hoogeschool te Utrecht was Fruytier een ijverig Voetiaan geworden. Zoo trad hij ook tegen de Coccejanen op, al drong hij op verzoening tusschen Coccejanen en Voetianen ernstig aan. Op deze verzoeningspogingen werd door de Coccejanen geen acht geslagen, ’t geen Fruytier tegen dezen zeer innam. Hij gaf dan nu ook zijn nog steeds bekend boek in het licht, getiteld: Sions Worstelingen (1714). Het werk is verdeeld in drie samenspraken. Vooral de Coccejanen worden geducht doorgenomen en inzonderheid professor Roëll, dien hij een oppersten voorstander van de rationalisten heet, wordt in dit boek aan de kaak gesteld.
Het werk werd echter, omdat kerkelijke approbatie geweigerd werd, door den uitgever en op diens risico uitgegeven. Dit bracht Fruytier in tal van moeilijkheden. Zelfs werd hij door de meerdere vergaderingen over deze uitgave berispt.
De Coccejanen waren hevig verontwaardigd. In tal van schimpverzen werd met Fruytier de spot gedreven. Men noemde hem een „Farizeeuwschen grijns, een helschen lasteraar, den kettermeester van het Geuze Vaticaan”. Ook professor Jacobus Ens te Utrecht trad tegen hem op.
Nog aan het eind van zijn leven trad Fruytier als verdediger van de waarheid in het krijt. Nu tegen professor Lampe te Bremen. Deze had geschreven, dat de algemeen-aangenomen leer van de generatie des Zoons geen steun vond in de Heilige Schrift. Volgens Fruytier moest dit leiden tot een verfijnd Socinianisme of nog erger tot een drie-godendom. Maar ook professor Lampe liet zich niet onbetuigd en antwoordde scherp en vinnig, waarop Fruytier reageerde niet minder scherp en „gemelijk” (1710).
Tal van geschriften zijn van de hand van Fruytier verschenen.
Fruytier was een zeer godvreezend man en zijn bedoelingen waren zuiver, al was de toon in zijn geschriften wel eens wat scherp. Toch was hij niet een onverstandig ijveraar. Als prediker stond hij te Rotterdam hoog aangeschreven. Hij was een uitnemend historicus en een kampioen voor de waarheid Gods.
