werd den 27sten Augustus 1531 te Rotterdam geboren, waar zijn ouders beiden behoorden tot een aanzienlijk geslacht. Waarschijnlijk ontving hij zijn opleiding te Leuven.
Het eerst in zijn openbaar leven vinden wij hem als pastoor van de St. Laurenskerk te Rotterdam.
Hier was hij heimelijk in ’t huwelijk getreden met Krijntje Pieters. Toen in 1572 Rotterdam door Spaansche troepen onder Bossu ingenomen was en er gevaar voor hem dreigde, wist hij door een list aan zijn inquisiteurs te ontkomen en vluchtte hij met vrouw en kinderen naar Utrecht en vervolgens naar Keulen.
Hier ontving hij van regeeringswege bijna gelijktijdig uit Utrecht, Rotterdam en ’s-Gravenhage aanzoeken om daar als voorganger op te treden. Door den dood zijner vrouw kon hij gemakkelijker als Roomsch priester optreden en volgde hij de roeping naar Utrecht.
Hier verbond hij zich als pastoor aan „het half gedeelte” van St. Jacob.
Drie jaar lang hield hij zich nog openlijk aan de Roomsche leer en ceremoniën. In 1578 kreeg hij echter toestemming van burgemeesteren en schepen om in Utrecht voortaan op de wijze der Gereformeerden te prediken.
Toen echter een religietwist dreigde, trok hij zich een tijdlang naar Rotterdam terug.
De spanning werd sedert grooter en eerst nadat de Minrebroeders Utrecht hadden verlaten, kon Duifhuis hier terugkeeren.
Na zijn terugkeer predikte hij nu in St. Jacob (gelijk hem bij raadsbesluit was toegestaan) in den geest der Hervorming.
Hij bleef echter vasthouden aan het geheel der gedoopten en wilde Hervorming zoeken in de kerk, in den geest van Erasmus.Voor de eigenlijke Gereformeerden predikte Datheen. Een vereeniging met Duifhuis mislukte, omdat hij de kerken-ordening der Gereformeerden van 1574 niet wenschte aan te nemen. De Gereformeerden hielden nu Duifhuis voor een „onwettigen” leeraar. Maar de Overheid was Duifhuis gunstig gezind. Duifhuis achtte de instelling van consistoriën onnoodig, kende aan den Magistraat het oppergezag over de kerk toe, was tegen Calvijn’s leer betreffende de praedestinatie en kantte zich tegen Beza’s gevoelen over het dooden van de ketters. Conferentiën met verschillende vooraanstaande Gereformeerde predikanten leidden tot geen doel.
Om zijn zwakke gezondheid vroeg hij nu in Januari 1580 van de stadsregeering ontslag, maar deze besloot hem opnieuw aan zijn gemeente te verbinden. Den 3den April 1581 overleed hij. Zijn stoffelijk overschot werd bijgezet in de Jacobi-kerk te Utrecht. Zijn ongeveer twintig sermoenen, nog overig, leggen den nadruk op „Gereformeertheijd des harten”. Eenvoudigheid en schilderende voorstelling behooren tot de kenmerken van Duifhuis’ stijl. In zijn opvatting van het geloof was hij ietwat Zwingliaansch en Melanchtoniaansch.
Den Bijbel noemde hij voorts zijn catechismus. Censuur oefende hij niet; dit deed de Overheid. Niet geheel ten onrechte is hij genoemd een voorlooper van de Remonstranten.
