De bekende Joodsche geschiedschrijver, werd geboren te Jeruzalem, tusschen September 37 en Maart 38 n. Chr., in het eerste jaar van keizer Caligula.
Zijn vader was Matthias, afkomstig uit een aanzienlijk priester-geslacht.Josef — zoo was oorspronkelijk zijn naam — genoot een rabbinistische opvoeding, en muntte reeds op 14-jarigen leeftijd uit door zijn kennis van de wet. Hij doorliep na zijn 16de jaar de scholen der Farizeërs en der Sadduceërs, en was ook drie jaren bij een kluizenaar Banus geheeten, wiens invloed en onderricht hij zeer hoog schatte.
Op 19-jarigen leeftijd sloot Josefus zich aan bij de Farizeërs. In 64 n. Chr., 26 jaar oud, reisde hij naar Rome, om vrijlating van eenige door de Romeinen gevangen genomen priesters te bewerken. Door den invloed van de keizerin, Poppaea, wier gunst hij wist te verwerven, wist hij zijn doel te bereiken.
Toen in 66 de Joodsche oorlog uitbrak, behoorde Josefus aanvankelijk tot degenen, die het verzet tegen de Romeinen afraadden. Doch later sloot hij zich bij den opstand aan, en behoorde zelfs tot de leiders; hem werd een bevelhebberschap in Galilea toevertrouwd. Na den val der vesting Jotapata, in 67, werd hij gevangen genomen; voor Vespasianus geleid, voorspelde hij dezen de keizerskroon; Vespasianus behandelde hem met onderscheiding en schonk, in 69 keizer geworden, aan Josefus de vrijheid. Sedert nam deze den familie-naam van Vespasianus aan, en noemde zich Flavius Josefus.
Tijdens het beleg van Jeruzalem werd hij telkens uitgenoodigd, aandrang op de Joden uit te oefenen, dat zij de stad zouden overgeven.
Toen Jeruzalem gevallen was en Flavius Josefus vergunning kreeg te vragen, wat hij wenschte, verzocht hij slechts om enkele „heilige boeken”, wetsrollen enz., en om de vrijlating van gevangen Joden, onder meer van zijn broeders.
Na het eind van den Joodschen oorlog vertrok hij met Titus naar Rome, woonde in het paleis van Vespasianus die hem het Romeinsche burgerrecht verleende, een jaargeld schonk, benevens een stuk land. Ook bij de latere keizers Titus (79—81) en Domitianus (81—96) stond hij zeer in de gunst.
Hij leefde tot na het jaar 110.
Vooral door zijn geschriften is Flavius Josefus bekend. Over den Joodschen oorlog, een werk in 7 boeken, waarin de geschiedenis van het Joodsche volk wordt beschreven van Antiochus Epifanes, 175—164 v. Chr., tot den val van Jeruzalem. Het werk, oorspronkelijk in het Arameesch geschreven, werd later met de hulp van Grieksche medewerkers in het Grieksch overgebracht. Josefus beschrijft hierin ten deele wat hij uit eigen aanschouwing kende en mede had beleefd.
Het werk, dat de instemming had van Agrippall, werd gepubliceerd op last van Titus, en aan Vespasianus in handen gesteld. Het is in 77 à 78 geschreven.
Joodsche oudheden, een werk in 20 boeken, dat gedeeltelijk uit de Heilige Schrift geput, in de eerste 10 boeken de geschiedenis verhaalt tot de Babylonische ballingschap, en waarvan de laatste 10 boeken de geschiedenis der Joden bevatten tot den dood van Herodes den Groote. Met tusschenpoozen werd het werk voltooid, in 93 of 94.
Ook in dit werk, dat niet altijd op juiste gegevens berust en niet overal blijk geeft, dat de schrijver goed op de hoogte was, is de klaarblijkelijke bedoeling van Flavius Josefus, de Grieksch-Romeinsche wereld bekend te maken met de historie der Joden, die hij in een zoo gunstig mogelijk licht trachtte te stellen.
Levensbeschrijving, waarin Flavius Josefus zijn eigen leven teekent, voornamelijk zijn bevelvoering in Galilea, in 66—67. Dit werk, na 100 geschreven, bedoelde een tegenwicht te zijn tegen de voorstellingen van den geschiedschrijver Justus van Tiberias, die aan Flavius Josefus de schuld gaf van den opstand tegen de Romeinen.
Tegen Apion, een werk, eerst door Hieronymus (pl.m. 400) met dezen titel genoemd, bedoelt de Joden te verdedigen, en hen vrij te pleiten van het vele kwaad, over hen verteld.
De werken van Flavius Josefus, vooral zijn levensbeschrijving, zijn niet steeds onpartijdig en betrouwbaar.
Om de rijke bronnen van kennis van het Joodsche volk, die zij ontsluiten, zijn ze van ouds in de Christelijke kerk veel gelezen.
In allerlei talen zijn ze vertaald. Ook meer dan één Nederlandsche vertaling zag het licht.