Aanvaardde 1 October 1809 de Evangeliebediening aan de Vuursche, vertrok van daar in 1814 naar Nieuw-Loosdrecht, kwam drie jaren later te Doetinchem, en in 1821 te Middelburg, waarna hij een jaar later het beroep naar ’s Gravenhage opvolgde, waar hij tot in 1861 met zeldzamen ijver en zegen werkte, toen voortdurende ongesteldheid hem noodzaakte zijn bediening neer te leggen. Hij overleed 9 October 1865, in den ouderdom van bijna 80 jaar.
Zijn naam blijft in de historie verbonden aan een naamloos geschrift uit 1827. Op een dag n.l. in het laatst van 1826 kreeg de rechtzinnige Amsterdamsche boekverkooper J.
H. den Ouden een pakje uit Utrecht gestuurd (dus niet uit Den Haag). Bij opening bleek het een manuscript-opstel te bevatten onder den titel: Adres aan alle mijne Hervormde Geloofsgenooten.
De strekking van dit ongeteekend adres was een felle aanklacht tegen de Synodale organisatie van 1816. De schrijver verklaarde op de eerste bladzijde, dat hij in geenen deele met Da Costa, Capadose, Thelwall, Vijgeboom of dergelijken in verband stond.
Maar ook hij had zijn bezwaren tegen den geest der eeuw, vooral zooals die in de kerk heerschte. Hij wilde kerkherstel, omdat de kerk was afgeweken van de Gereformeerde beginselen in leer zoowel als in leven.
Hij beschuldigde de predikanten van ontrouw en van heimelijken list in de ondermijning der kerkleer. Vooral tegen de proponentsformule van 1816 kantte hij zich.
Daarbij was men met „veel list en subtiliteit” te werk gegaan, in plaats van rond en eerlijk.
Nu toch kon allerlei onrechtzinnigheid binnensluipen in de kerk, waarin geen leervrijheid mocht zijn.
De losmaking van den band der formulieren was dan ook een oneerlijkheid tegenover de gemeente. Ook de hoogescholen waren geen kweekplaatsen van zuivere waarheid en godsvrucht.
Vele hoogleeraren speelden liever een partijtje met de studenten, dan dat zij hen aanspraken over hun hoogste behoeften. De boekverkooper Den Ouden ging met dit manuscript naar Da Costa om raad te vragen.
Deze bewonderde stijl en voordracht niet, en vond de anonymiteit niet sympathiek, maar achtte het toch gewenscht, dat de oogen der menschen eens geopend zouden worden voor wat hij zelf als „de jesuïtische handelwijze van de Synode van 1816” karakteriseerde, en ontried daarom de publicatie niet. Na de uitgave werd de uitgever bij den directeur van politie Wiselius ontboden, die hem door vriendelijkheid en bedreiging met onaangename gevolgen bewoog om de origine der brochure mede te deelen, en hem verbood om het boekje „provisioneel” verder te verkoopen, want men wilde zich van hooger hand met de zaak bemoeien.
Den volgenden dag kwam een diender aan den uitgever zeggen, dat de Haagsche predikant Molenaar de schrijver was. Voor den Minister van Eeredienst geroepen, had Molenaar dit zelf erkend.
De koning stortte nu de fiolen van zijn vorstelijken toorn op Molenaars hoofd uit. Men sprak in Den Haag reeds over de gevangenneming van den delinquent.
Ter voorkoming van verdere gerechtelijke vervolgingen liet hij zich nu bewegen tot een brief aan Z.
M., waarin hij, zonder een woord van het Adres te herroepen, zijn leedwezen betuigde over de onrust, die zijn geschrift had verwekt, verder belovende zich voortaan te zullen onthouden van alles wat de rust der Kerk zou kunnen verstoren, en zich overeenkomstig de wetten en reglementen te zullen gedragen.
Hiervan werd nu bij Koninklijk Besluit van 22 September 1827 aan alle kerkeraden kennis gegeven. Molenaar betoonde zich voortaan een man des vredes, en kreeg tot loon daarvan in 1836 van den Koning een ridderorde: de Nederlandsche Leeuw.
Of op die borst een fiere leeuw wel paste? Zeker viel dit eerekruis hem makkelijker te dragen dan het martelaarskruis, dat hij in een heldhaftig oogenblik op zich genomen had. Ook zegt het wel iets, dat hij eerst in 1856 zijn Leerredenen over den strijd des geloofs bij alle bedreiging onzer belijdenis uitgaf.
Deze leerredenen toch waren reeds in 1823 te ’s Gravenhage gehouden, maar de vrijmoedigheid om ze uit te geven had hem, volgens zijn eigen verklaring, toen ontbroken. Blijkbaar bezat Molenaar dus geen heidennatuur.
En het verwondert ons niet, dat een Zwitser, die korten tijd later in Den Haag de geschiedenis van het Adres hoorde, de handen ineensloeg, vragende: wat zal men in ’t buitenland zeggen? Zijn dat de afstammelingen van de vrijheidlievende Hollanders van weleer ? Toch durven we geen hard oordeel over Molenaar uitspreken, maar wel over een kerkelijke organisatie, waarin een autocratisch koning tucht oefende op een wijze die aan Russische vervolging doet denken. Met dat al vond het Adres in veler harten luiden weerklank en gaf het mee den stoot tot de kerkelijke verwikkelingen, die weldra gezien zouden worden.
Nog in 1827 beleefde het Adres negen drukken. Bij G. van Peursum te Amsterdam verscheen in later jaren de elfde druk, nu met den naam van den schrijver op het titelblad.
Inmiddels bleef Molenaar de kampioen voor de orthodoxe belijdenis.
Door aanleg, opleiding, gezindheid en richting een leeraar der voormalige Staatskerk van de Republiek der Unie, verdiende hij ten volle den naam van „Leeraar der Gereformeerde kerk” te dragen.
Dit wenschte hij ook, daarin lag zijn eer, zijn roem en zijn vreugde; daarin was hij, omdat hij aan veel goeds en heerlijks uit vroeger dagen herinnerde, en getrouw en oprecht was in zijn streven, een eerwaardige gestalte. Daarbij was hij iemand van vaste beginselen, die aan nieuwe strevingen en openbaringen van zijn tijd, gaarne zooveel toegaf als hij slechts kon of vermocht, maar nimmer ten koste van zijn overtuiging, die haar oorsprong had in een vast geloof aan wat de Schriften hem geleerd hadden van den Heere Jezus, en wat hem door den Heiligen Geest tot leven en werkelijkheid geworden was voor zijn hart.
Geen wonder dat hij, gedurende zijn lange dienstwerk in de vaderlandsche gemeenten, waar hij als leeraar en herder is werkzaam geweest, maar vooral gedurende de acht en dertig jaren, die hij te ’s Gravenhage heeft mogen prediken en leven, grooten invloed heeft uitgeoefend in een uitgebreiden kring. Het meerendeel van dien kring vormde als ’t ware een gemeente op zichzelve, die eigenlijk inwendig gescheiden was van de nog feitelijk bestaande kerk, maar voor ’t uitwendige nog tot haar bleef behooren.
Zoo was en bleef hij een reeks van jaren de krachtige prediker en voorganger eener groote, getrouwe en geestverwante schare. Als hij preekte was het kerkgebouw vaak zeer vol, ook met hoorders, die „staan” moesten, terwijl de banken van de „fatsoenlijke lieden”, d. w. z. de eigenaars van „vaste plaatsen” leeg stonden.
Want ofschoon Molenaar geen neiging had tot het dweepzieke, en eer gemoedelijk was dan fel en hatelijk, was hij toch de schrik der fatsoenlijke lieden, en joeg men kinderen met het noemen van den naam van dezen afschuwelijken domper, naar bed. De heer en mevrouw Groen van Prinsterer kwamen echter dikwijls bij hem ter kerk, al vonden zij den vorm van zijn preeken, wegéns de gerektheid en de eindelooze herhalingen, minder aangenaam.
Toen „vader Molenaar” in 1861 emeritaat verkreeg, werd in zijn plaats Ds Gunning van Hilversum beroepen. Een anoniem geschriftje van dezen zijn jeugdigen vriend en broeder voorzag de rustende leeraar in 1863 van een naschrift.
En den dag vóór zijn verscheiden legde de grijze Molenaar Gunning nog de handen op. Dirk Molenaar heeft in zijn lang, nuttig en vruchtbaar leven, behalve zijn Adres, nog veel geschreven.
Heldrings tijdschrift: De Vereeniging, Christelijke stemmen bevatte bijna jaarlijks een bijdrage van zijn hand.Deel I: Zal het goed zijn, bijaldien men alle Protestantsche gemeenten ineen smelt ?
Deel II: De Liberalen, hunne eigene schande opschuimende.
Deel III: Noodige Toelichting van den 18 Augustus 1848 en Iets over 1 Joh. V: 7.
Deel IV: Gethsemané.
Deel V: Jezus leer aangaande den Heiligen Geest, uitgedrukt in zijn afscheidsrede.
Deel VI: De tegenwoordige stand van zaken in de Hervormde Kerk.
Deel VIII: De Formulierkwestie nog niet geëindigd.
Deel IX : Open Brief.
Deel XI: Mijne Geloofsbelijdenis.
Deel XII: De ware Regtzinnigheid.
Deel XIV: Een woord van vriendelijke raadgeving door een grijzen dienaar van Christus gesproken.
Zelfs in dit laatste opstel, uit het jaar 1859, komt hij nog eens terug op de listige wijze, waarop men in 1816 het onderteekeningsformulier heeft veranderd. Verder heeft Molenaar een reeks van groote en kleine boekdeelen geschreven : Leerredenen over verschillende onderwerpen, 4 tientallen; Handleiding voor mijne leerlingen, 2 deelen; De Roede Gods over Nederland, viertal leerredenen; De Formulieren van Eenheid, bij de Hervormde Kerk in Nederland gebruikelijk, zuivere Bij belleer; Godsdienstleer, hoofdzakelijk uit de Bijbelsche Geschiedverhalen ontleend; Noodige Aanwijzing van Bijbelplaatsen voor de kennis der Gewijde Geschiedenis; Schets der Christelijke Geloofsleer, voor Catechisatiën; Prakticale Bijbelbeschouwing; De Formulieren van DOOD en Avondmaal, in derzelver Evangelische waarde en kracht beschouwd; Gedachtenis tot een dankbaar aandenken aan en voor de gemeenten van De Vuursche, Nieuw Loosdrecht, Doetinchem, Middelburg en ’s Gravenhage; Rijkdom des Bijbels; Beknopte opgaaf van de verschillende gevoelens der onderscheidene Kerkgenootschappen onder de Christ en-belijders in ons vaderland; Aandenken, Eerste en laatste leerreden benevens een afscheidswoord aan de gemeente van ’s Gr avenhage; Gedachten van een bijna tachtig jarigen Grijsaard over sterven en sterfbedden, naar den Bijbel, met een inleidend woord van zijn zoon A. J. Molenaar, predikant te Harderwijk.
