of eigenlijk Jacob Hermans werd 10 October 1560 te Oudewater geboren als zoon van Herman Jacobsz, een messenmaker, en Engelina Jacobs. Veel had hij voor zijn eerste vorming te danken aan den priester Theodorus Aemilius, die het „vaderloose weeskint inde gronden der ware Godsalicheyt ende religie” onderwees en aan Rudolf Snellius, met wien hij naar Hessen toog.
Deze beide mannen waren geen Calvinisten en de kiemen, door hen in den jeugdigen Arminius gelegd, zijn later tot ontwikkeling gekomen. In het jaar 1576 werd hij als twaalfde student aan de pas opgerichte academie te Leiden ingeschreven.
Hier was hij bij hoogleeraren en studenten zeer gezien. Nog vóór 1582 trok hij, op kosten van het Amsterdamsche kramersgilde naar Genève, waar hij de lessen volgde van Beza, die juist bezig was met de verklaring van den brief aan de Romeinen.
Hier maakte hij kennis met Wtenbogaert benevens eenige aanzienlijke studenten uit onze gewesten. Op hun verzoek gaf Arminius hun les in de wijsbegeerte van Petrus Ramus (1515—1572), die bekend is door zijn krachtig verzet tegen de filosofie van den Griekschen wijsgeer Aristoteles.
Dit lekte uit, gaf aanleiding tot misnoegen en Arminius vertrok naar Bazel. Na eenigen tijd keerde hij echter naar Genève terug.
In Amsterdam waren de „Overlieden van het Groot Cramers gild” een weinig ongerust geworden over hun pupil; zij vreesden dat hij hoogmoedig en stijfhoofdig was. Ware dit zoo, dan zagen ze liever, dat zijn vernuft niet die rijpheid kreeg, welke gevaarlijk zou kunnen worden voor de kerken.
Maar de hoogleeraren te Genève stelden bij monde van Beza de heeren gerust en prezen Arminius’ doorzicht en onderscheidingsvermogen.
In 1587 was hij, na een reis in Italië, te Amsterdam en werd hij den 5den October van hetzelfde jaar door de Classis van Amsterdam tot proponent bevorderd.
Hier trad hij nu en dan des avonds in een weekbeurt op, waarbij hij echter door sommige uitdrukkingen aanstoot gaf. Toch werd de voedsterling van het kramersgilde in Amsterdams kerk als dienaar des Woords beroepen (1588).
In den aanvang ging alles naar wensch. Een man met zulke uitnemende gaven moest opgang maken.
Helaas, straks kwamen er klachten over zijn prediking. Hij behandelde voor de gemeente Paulus’ brief aan de Romeinen, maar weldra was heel het Gereformeerde volk in opschudding over ’s mans uitleg.
Ook collega Plancius, een Vlaming, trad tegen hem op. Arminius wist echter den opkomenden storm nog te bezweren.
In dezen tijd had hij op een bruiloft (!) te Leiden met den hoogleeraar Franciscus Junius een diepgaand gesprek over de leer der voorbeschikking, een discussie, welke schriftelijk werd voortgezet.In 1603 kwam zijn benoeming tot hoogleeraar aan Leidens hoogeschool. Deze benoeming, door Junius gevreesd en door den Leidschen professor Gomarus tegengewerkt, was beslist een fout. Arminius wist, dat hij bezwaren had tegen de Gereformeerde leer, in belijdenis en catechismus beleden. Ook Wtenbogaert, die zoo sterk voor de benoeming geijverd had, kende Arminius’ onrechtzinnigheid. Voor Wtenbogaert had deze immers geen geheimen. De strijd moest dus komen.
In Amsterdam stond men noode zijn vertrek toe, daar men vreesde, dat zoodanig „dertel verstand” op de academie de gansche kerk zou besmetten. Na eenige onderhandelingen moest men echter berusten.
Gomarus’ positie zou door Arminius’ komst te Leiden verre van aangenaam worden. Wel promoveerde deze onder Gomarus als promotor tot doctor in de theologie; ook wist hij in een samenkomst met Gomarus dezen te bevredigen; wel had hij vóór zijn vertrek uit Amsterdam beloofd „noch op den predickstoel noch oock in de Academie” zijn afwijkende gevoelens te openbaren. Maar al ras lekte uit, dat Arminius op zijn private lessen zijn woord schond. Bij de kerkelijke examens bleek ook, welke de vrucht van zijn onderwijs was. Toen hij dan ook in 1604 liet disputeeren over de voorbeschikking, gespte Gomarus het zwaard aan de heup en slingerde zijn collega in ’t publiek zijn stellingen als in ’t aangezicht, ’t Is waar, in 1606 konden de curatoren der hoogeschool aan de verontruste kerken mededeelen, dat volgens eigen verklaring der hoogleeraren — Gomarus inbegrepen — geen geschillen in ’t fundament der leer bestonden, maar overtuigd was men niet. Men vertrouwde de „schalckheyt” van Jacobus Arminius niet.
De particuliere Synode van Delft besloot dan ook in 1607 zich te wenden tot de Staten, met het verzoek, dat er een vergadering zou worden gehouden van gedeputeerden der kerk, waarin de professoren zouden verschijnen. Arminius verzocht toen, aan de Staten een rechtbank aan te wijzen, waarvoor hij zich zuiveren kon van de over hem uitgestrooide „lasteringen”. Den 30sten Mei 1608 stonden nu beide hoogleeraren voor den Hoogen Raad. Eerst werd getwist over de wijze van procedeeren. Arminius wees op Gomarus als zijn aanklager. Deze vond het ongehoord kerkelijke zaken voor een politiek college te behandelen; op een wettige Synode zou hij gaarne bewijzen, dat de leerstellingen van Arminius met Gods Woord, de belijdenis en den catechismus in strijd waren.
Door Arminius geprest, beschuldigde Gomarus hem eindelijk, dat hij afweek in het stuk der rechtvaardigmaking. Arminius keerde zich nu tegen het „hooghe ghevoelen” (het supralapsarisme) van Gomarus.
De vrede tusschen beide hoogleeraren was nu voor-goed verstoord. Arminius bleef het supralapsarisch standpunt van zijn collega aanvallen. Zelfs ontstond er tusschen beide professoren een heftige woordenwisseling. Nog eens werden Arminius en Gomarus voor de Staten gedagvaard (1609), maar Arminius leed aan tuberculose, zoodat zijn schier uitgeput lichaam geen lange disputatie toeliet. Hij stierf dan ook, den 12den September 1609, midden in den strijd.
Arminius week beslist van de Gereformeerde waarheid, zooals zij in Confessie en Catechismus beleden werd, af. Dit school in zijn uitlegging van de Heilige Schrift. Daarom werd door hem steeds groote nadruk gelegd op Schrift-studie. In de leer was hij semi-pelagiaansch.
