Onder het bestuur van een waterschap moet worden verstaan het college, dat met het dagelijks bestuur belast is (vgl. in een gemeente burgemeester en wethouders). Het w. is verantwoording schuldig aan en voert de besluiten uit van de ingelandenvergadering of in, meestal grote, waterschappen waar door de ingelanden hoofdingelanden gekozen worden, de vergadering van hoofdingelanden (vgl. gemeenteraad).
Met uitzondering van de zee-, IJselmeer- en rivierwaterkerende waterschappen, waar de bestuursleden door de Kroon benoemd worden, worden zij i.h.a. uit en door de vergadering van stemgerechtigde ingelanden, resp. hoofdingelanden, gekozen. Benoeming of verkiezing is vaak gebonden aan minimum grondbezit binnen het waterschap, steeds aan leeftijdsgrenzen. de titel van een bestuurslid kan b.v. luiden: hoogheemraad, heemraad, molenmeester; van de voorzitter: dijkgraaf, schout, watergraaf.Het w. wordt meestal bijgestaan door een administratief onderlegde secretaris en, minder vaak door een waterbouwkundig deskundige, een opzichter of, in grote waterschappen, een ingenieur.