Stad, ontstaan op de plaats waar de Ee in een inham van de Lauwerszee uitmondde: het Dokkumer Diep. In de vroege middeleeuwen werd op de noordelijke kwelderwal een terp opgeworpen ter plaatse van de huidige Hoogstraat en Waagstraat.
Volgens 9de-eeuwse bronnen was deze kleine handelsnederzetting de plaats waar St. Bonifatius in 754 werd vermoord.
Aan de noordzijde, op de plaats van de huidige Markt, verrees later in de 8ste eeuw een tweede terp. De hier gebouwde houten kerk werd in de 12de eeuw vervangen door de premonstratenzer Bonifatius-abdij.
De in de kerk opgenomen bron (Fetzeput) werd in de 13de eeuw een plaats van Bonifatius-verering. Naast de tot de abdij behorende St.-Pauluskerk, verrees een aan St.
Maarten gewijde parochiekerk. De Bonifatiusabdij werd in 1588-'89 gesloopt (de toren in 1832).In 1298 wordt Dokkum, dat handelsrelaties onderhield met Scandinavië en Engeland, voor het eerst vermeld als stad. Een eerste verdedigingswal kwam in 1399 tot stand, maar deze werd in 1531 ontmanteld. Na de plundering van de stad in 1572 - en onder dreiging van een aanval kreeg Dokkum in 1582 een nieuwe, zeshoekige omwalling. In de jaren daarna werden de zes bastions, vier landpoorten (gesloopt in de 19de eeuw) en twee waterpoorten voltooid.
In het Dokkumer Diep bouwde men in 1583 een zijl (sluis), waardoor het zoete water van de grachten en de monding van de Ee (het Kleindiep) werd gescheiden van zoute water van de zeehaven (het Grootdiep). Dokkum werd in 1597 zetel van de Admiraliteit van Friesland en groeide uit tot de vijfde stad van Friesland. Verzanding van het Grootdiep leidde in 1645 tot verplaatsing van de Admiraliteit naar Harlingen. De stad richtte zich vervolgens op het achterland. In 1647 legde men een trekweg aan langs de Dokkumer Ee en in 1651-'55 werd de Stroobosser trekvaart gegraven, die bij Stroobos uitkomt in het Kolonelsdiep de verbinding met Groningen. De in 1729-'30 bij Engwierum gebouwde Dokkumer Nieuwe Zijlen sloten de oude zeearm geheel af en in 1774 verdween de overbodig geworden zuidelijke beer in de stadsgracht.
De bebouwing bleef binnen de omwalling tot er aan het eind van de 19de eeuw enige bedrijfsbebouwing langs de Dokkumer Ee (Voorstreek) ontstond, aan de westzijde van de stad. In 1901 werd aan de noordzijde een spoorlijn naar Leeuwarden aangelegd: het ‘Dokkumer Lokaeltsje’. Aan die zijde ontstond enige nieuwbouw. Aan de zuidzijde kwam in 1919 een eerste wijkje met volkswoningbouw tot stand. Na een grenswijziging (1924) verrees ten oosten van dit wijkje in 1925 de St.-Bonifatiuskapel met processiepark. Op het tracé van de in 1936 opgeheven spoorlijn legde men na de Tweede Wereldoorlog een rondweg aan (voltooid in 1949).
Het merendeel van de bedrijfsbebouwing aan de Voorstreek verdween. Dokkum is na de Tweede Wereldoorlog met forse woonwijken uitgebreid, eerst aan de oost- en de westzijde, vervolgens, na een tweede grenswijziging (1966), aan de zuidzijde en recent aan de noordzijde. Mede door de aanwijzing tot beschermd stadsgezicht in 1972 is de oude binnenstad opvallend gaaf bewaard gebleven.
