Een Nederlandsch godgeleerde, werd geboren te Rotterdam den 27sten October 1531. Na het voleindigen zijner studiën werd hij aldaar pastoor der Groote of St. Laurenskerk en onderscheidde zich door eene groote verdraagzaamheid.
In het geheim gehuwd met zijne huishoudster Krijntje Peters, werd hij weldra van ketterij beschuldigd, zoodat hij, geholpen door zijn broeder Leendert Duifhuis, destijds burgemeester van Rotterdam, de wijk nam naar Keulen, waar een edelmoedig koopman hem aan den nijpenden nood ontrukte. Hij verloor er in 1574 zijne echtgenoote, verzoende zich met de Kerk, en werd in 1576 pastoor der St. Jacobi-kerk te Utrecht. In het daarop volgende jaar bleek het in zijne kanselredenen, dat hij meer en meer overhelde tot de gevoelens der Hervormers. Met bescheidenheid wees hij op de misbruiken der R. Katholieke Kerk en zocht ze tevens af te schaffen, en daar vele aanzienlijke burgers van Utrecht hem ondersteunden, verklaarde hij in 1578 aan de regéring, dat hij zich niet langer vereenigen kon met de leer der Kerk, weshalve hij verzocht, openlijk zijne gevoelens te mogen verkondigen. Hiertoe ontving hij de vergunning door een raadsbesluit van 7 Februarij 1578.
Hij omhelsde echter geenszins de stellingen van Luther of Calvyn, maar wenschte op het voetspoor van Erasmus de Kerk in de Kerk te hervormen. De dekens der 5 kapittels te Utrecht bragten echter de zaak in hooger beroep, zoodat de regéring aan Duifhuis verlof schonk om, met behoud zijner betrekking, eenigen tijd de stad te verlaten. Hij begaf zich dientengevolge den 25sten Junij 1578 naar Rotterdam. Dit verwekte groot misnoegen bij zijne gemeente, en daar men er aan de Minderbroeders de schuld van gaf, werden deze uit de stad verbannen. Hiermede was echter de rust niet hersteld, en de regéring zond den burgemeester Aert Dirkz van Leiden en den secretaris Gysbert Tin naar Rotterdam, om Duifhuis te halen. Deze was dan alleen bereid om over te komen, wanneer de regéring hem tegen alle vervolging in bescherming nam, en hoewel de Kapittelen met de Staten, ja, met den Prins, den aartshertog Matthias en de Staten-Generaal handelden, verleende de regéring met de belofte van veiligheid aan Duifhuis de vergunning, om naar eigen overtuiging te prediken, terwijl de door hem wegens vertrek geledene schade zou worden vergoed.
Duif huis hervatte nu in Augustus 1578 zijne taak, doch werd weldra door nieuwe vijanden aangevallen, namelijk door de Hervormde predikanten, die bij monde van Wernerus Helmichius, Nicolaus Sopingius en Arnoldus Cornelius vruchtelooze pogingen aanwendden, om den vrijheidlievenden man tot de Calvinistische leerstellingen over te halen. De scheuring, welke hierdoor ontstond, berokkende hem zoovele moeijelijkheden, dat hij in Januarij 1580 zijn ontslag verzocht. De regéring was weinig gezind, om dat verzoek toe te staan, en zijne vrienden smeekten hem, om in zijn zegenrijken arbeid te volharden. De vrome Duifhuis, door sommigen een papist, door anderen een vrijgeest en door velen een wolf in schaapskleederen genoemd, gaf niettemin aan die wenschen gehoor. Hij zocht vooral de jeugdige geestelijken met goede gezindheden, met ijver, maar tevens met verdraagzaamheid te bezielen. Hij overleed den 5dien April 1581, en zijne liefderijke en verlichte prediking werd nog lang met hooge waardéring herdacht.
