Nederl. hervormd godgeleerde, geb. 25 Maart 1631 te Metslawier (Friesland); hij studeerde te Groningen en te Franeker, en werd vervolgens predikant te Oosterlittens en daarna te Franeker. Nadat hij in ‘t Latijn een geschrift had uitgegeven, ter verdediging van de Cartesiaansche wijsbegeerte, werd hij in 1670 wegens een dogmatisch leerboek, getiteld ..Vaste spijze” van Sociaansche gevoelens beschuldigd.
Hij daagde zijn beschuldigers voor de rechtbank, maar men wist te bewerken, dat B. afzag van zijn rechtsvordering. Tevens werd hem verboden, sommige gedeelten van zijn leerboek te gebruiken en les te geven aan studenten. Later ging hij naar Weesp en voorts naar Amsterdam. Ook op laatstgenoemde plaats werd hij weldra door zijn collega s lastig gevallen, — vooral toen hij in een geschrift over de kometen (1683) beweerde, dat deze geene aankondigsters van rampen zijn. Toen hij vervolgens in zijn belangrijk werk „De Betooverde Wereld’’ (Franeker, 1691) de bijgeloovige gevoelens over de macht van hooge geesten, over hun invloed op de menschen, over toovenaars, heksen enz. met kracht bestreed, geraakte hij in allerlei moeilijkheden en zag zich na vele onderhandeiingen gedrongen een soort van geloofsbelijdenis of „artikelen van satisfactie” te schrijven, waarin hij het bestaan, maar niet de macht van booze geesten erkende. Hij drong er op aan, dat zijn hoek-door de Synode zou worden onderzocht en beoordeeld.
De Synode verwierp echter zijn gevoelens en veroordeelde hem tot verlies van zijn leeraarsambt (1692). Bekker beklom den predikstoel niet weder; hij sloot zich aan bij de Waalsche gemeente, en overleed 11 Juli 1698.