(Fr.: désinfection; Du.: Desinfizierung; Eng.: disinfection), in het algemeen: het ontdoen van een infectie; in microbiologische zin het ontdoen van besmettende micro-organismen (tevens zie Ontsmetting; Sterilisatie). Desinfectie geschiedt met een desinfectans: een stof die door zijn chemische structuur micro-organismen doodt zonder het behandelde te beschadigen.
De meeste sterke desinfectantia (zuren, basen, zouten van zware metalen, quaternaire ammoniumbasen, sommige alcoholen, lysol, fenolderivaten, methanol, chloorderivaten) tasten eiwitten aan en kunnen dus niet in hoge concentraties op levend weefsel worden toegepast. In lage concentraties zijn zij soms alleen groeiremmend. Zwakkere desinfectantia zijn alleen in grote concentratie bacteriëndodend (zie Antisepticum). Desinfectie van de huid kan effectief geschieden met o.a. joodtinctuur. Desinfectie van lucht bestaat in hoofdzaak uit stofbindende maatregelen.