Doorgaans verdeelt men de prefrontale cortex in een dorsaal deel (bovenaan gelegen), een ventraal deel (onderaan gelegen) en de orbitofrontale cortex. Deze laatste is het deel vlak boven de oogkassen.
Binnen deze gebieden kan men nog een tweede indeling maken in een lateraal (opzij gelegen) en mediaal (middenin gelegen) deel. Zo kan bijvoorbeeld de dorsale prefrontale cortex weer worden onderverdeeld in de dorsolaterale prefrontale cortex en dorsomediale prefrontale cortex, en de ventrale prefrontale cortex worden opgedeeld in de ventrolaterale prefrontale cortex en ventromediale prefrontale cortex. Soms beschouwt men de laterale en mediale delen van de orbitofrontale cortex als onderdelen van de ventrolaterale en ventromediale prefrontale cortex.
