Endogeen, of inwendig heeten in de geologie de vormgevende krachten, welke haar oorsprong vinden in de aarde zelve. Vulkanen, aardbevingen en gebergtevorming zijn uitingen van e. krachten. E. heeten ook de contactwerkingen, welke op het contact van een stollingsgesteente met een bezinkingsgesteente in het stollingsgesteente optreden en die insluitsels in een stollingsgesteente, welke als stollingsproducten van vroegeren datum uit het stollingsgesteente zelf afkomstig zijn.
In de plantkunde zegt men, dat deelen endogeen ontstaan, wanneer zij zich vormen binnen het lichaam van de plant zonder medewerking van de peripherisch gelegen deelen. Endogeen ontstane deelen doorbreken later de meer oppervlakkige lagen der plant. Alle wortels, met uitzondering van den hoofdwortel, ontstaan endogeen. Tegenover endogeen staat exogeen.
