Oorspronkelijk hortus medicus; een kruidentuin van de Franeker Universiteit waar geneeskrachtige kruiden werden gekweekt sinds 1589.
Behalve het levende plantenmateriaal in de vorm van een hortus beschikte de universiteit ook over dood studiemateriaal in de vorm van een herbarium en xylotheek. Op aandrang van de hoogleraar Menelaus Winsemius werd Johannes Schovingius in het begin van de 17e eeuw tot eerste hovenier of hortulanus benoemd. In het midden van de 17e eeuw kreeg de hortus een orangerie, die in 1752 werd vernieuwd. Omstreeks 1750 veranderde de naam van hortus medicus in hortus botanicus. Er zijn geen afzonderlijke afbeeldingen bekend van de hortus. Wel geven sommige stadsplattegronden een indruk van de inrichting. Aan het einde van de 18e eeuw was de Franeker hortus een van de belangrijkste botanische tuinen van Europa geworden met meer dan 3.000 plantensoorten. Met het einde van de Franeker universiteit in 1811 viel deze verzameling uiteen. In 1812 werden 293 planten naar de hortus van de Groninger universiteit vervoerd en de rest werd in 1813 publiek verkocht. Een deel van de hortus bleef in bezit van het Atheneum (& Universiteit van Franeker) maar in 1843 sloot de hortus definitief. Van de hortus en de orangerie aan de Academiestraat zijn tegenwoordig bijna geen overblijfselen meer.
Zie: Nederlandsch Tijdschrift voor Geneeskunde (1923) 1658-60; www. franekeruniversiteit.nl.