Denkbeeldige lijn die het westelijk deel van de Maleise archipel scheidt van het oostelijk deel en Australië
Een van de bekendste biogeografische scheidslijnen is genoemd naar Alfred Russel Wallace, een bioloog die van 1854 tot 1862 rondtrok in Zuidoost-Azië om biologisch materiaal te verzamelen dat hij verkocht aan de musea in Europa.
Wallace beschreef hoe verschillend de flora en fauna van Borneo, Sumatra, Java en de Filippijnen was vergeleken met de oostelijke gebieden: Celebes (het huidige Sulawesi), Nieuw-Guinea (het huidige Kalimantan en Papoea-Nieuw-Guinea) en Australië. De scheidslijn loopt tussen de Indonesische eilanden Bali en Lombok door, die vrij dicht bij elkaar liggen. Niet alleen de flora en fauna, ook de menselijke bevolkingen laten duidelijke verschillen in uiterlijk zien.
De Wallace-lijn heeft een evolutionaire historie. Het continent van Australië lag tijdens het Mesozoïcum, toen de buideldieren ontstonden, nog vast aan Afrika en Antarctica. De Placentalia ontstonden pas later en verdrongen op alle continenten de buideldieren, behalve Australië, dat ze nooit bereikten. Door continentale drift had Australië zich al ver van Afrika en Antarctica verwijderd en kwam later in de buurt van Azië te liggen. De buideldieren van Australië hebben hun eigen radiatie gekend, apart van de radiatie van de placentazoogdieren in Eurazië, wat de verschillen verklaart.
De kolonisatie van Australië door de mens dateert van ongeveer 65.000 jaar geleden, vanuit een migratiegolf die direct uit Afrika kwam. Later, ongeveer 40.000 jaar geleden, volgden er nog twee golven. Vervolgens hebben deze mensen lange tijd geïsoleerd geleefd. De Maleise volkeren stammen af van latere migraties, uit zuidelijk en centraal Azië. Deze historische achtergrond verklaart de etnische verschillen aan weerszijden van de Wallace-lijn.
