Polymerasekettingreactie waarbij de amplificatie van doelwit-DNA in de tijd gevolgd wordt zodat een schatting gemaakt kan worden van de hoeveelheid uitgangsmateriaal
Kwantitatieve PCR is een polymerasekettingreactie (zie het betreffende lemma) die uitgevoerd wordt in reactievaatjes die tijdens het proces met een digitale camera gevolgd kunnen worden. Men spreekt daarom ook van “real-time PCR”. Behalve de normale PCR-mix bevat het mengsel ook stoffen die gaan fluoresceren als ze binden aan dubbelstrengs DNA. Omdat tijdens de reactie steeds meer dubbelstrengs-DNA ontstaat is de toename van fluorescentie een maat voor de accumulatie van PCR-product.
Meestal heeft de accumulatiecurve een S-vorm. De helling van de lijn is een maat voor de PCR-efficiëntie (idealiter 2) en het aantal cycli dat verloopt voordat de reactie van de grond komt of een drempelfluorescentie bereikt (de “cycle threshold”, CT) is een maat voor de hoeveelheid uitgangsmateriaal waarmee de reactie startte.
Omdat met moderne apparatuur de CT-waarde betrouwbaar gemeten kan worden voor een groot aantal reacties tegelijkertijd is het een veel gebruikte techniek. Toegepast op cDNA verkregen met reversief transcriptase is de CT-waarde een maat voor de abundantie van een bepaald transcript in een RNA-monster. De analyse is dan meestal gericht op genen die door een bepaalde behandeling (toxicanten, infecties) opreguleerd (geïnduceerd) worden. De CT-waarde wordt geschaald op de CT voor huishoudgenen (β-actine, elongatiefactor 1α), waarvan men aanneemt dat genexpressie niet beïnvloed wordt door de bestudeerde factor. De ratio staat bekend als de mate van regulatie (“fold regulation”).
De reguliere PCR is niet geschikt voor kwantitatieve doeleinden omdat het niet mogelijk is om het verloop van de reactie te volgen en de eindhoeveelheid geamplificeerd DNA nauwelijks afhangt van de beginhoeveelheid.
