Variant van een organisme of een cel die in alle erfelijke eigenschappen identiek is aan een referentie behalve in één gen of kenmerk
De term isogeen wordt gebruikt in combinatie met een referentie (waarmee de betreffende variëteit of ras isogeen is). De isogene lijn verschilt van de referentie in een bepaald gen waarvan de functie of het effect onderzocht wordt.
De term wordt veel gebruikt in de literatuur over genetische modificatie. Genetisch gemodificeerde gewassen worden altijd beoordeeld op de milieurisico’s die ze mogelijk veroorzaken. Daarbij wordt het gg-organisme vergeleken met een isogene lijn die de betreffende modificatie niet heeft. Voor klonaal vermeerderde organismen (door stekken of scheuren) is dat de lijn van waaruit het gg-gewas gemaakt werd. Voor gg-lijnen die door kruisingen verkregen zijn moet een vergelijking gemaakt worden met een variëteit die zo goed mogelijk de genetische achtergrond benadert. Men spreekt dan van “bijna-isogene lijnen” (“near-isogenic lines”).
Ook in de geneeskunde, bij de studie naar de genetische bepaaldheid van ziektes, worden isogene lijnen gebruikt. Men maakt dan in vitro een cellijn die isogeen is met een patiënt of een groep patiënten, zodat het effect van een ziekte bestudeerd kan worden in een geselecteerde genetische achtergrond, vaak met gebruik van genoomcorrectie.
Een ander gebruik van de term isogene lijn betreft de aanduiding van een organisme dat voor alle genen in het genoom homozygoot is (het voorvoegsel “iso- verwijst hier niet naar een referentielijn maar naar de allelen van één locus). Een betere term hiervoor is echter “zuivere lijn” (Engels: “pure inbred line”). Zulke lijnen worden verkregen door herhaalde kruisingen tussen verwanten (inteelt) of door verdubbeling van het haploïde genoom.
