Nucleotidesequentie die kenmerkend is voor een bepaalde soort, waarmee de soort geïdentificeerd kan worden door een stukje van zijn genoom uit te lezen
Een DNA-barcode bestaat uit een korte DNA-sequentie waarmee de naam van een soort eenduidig vastgesteld kan worden. Meestal doet men dit door van een DNA-monster een afgesproken fragment te amplificeren met een polymerasekettingreactie (PCR) en van het resulterende PCR-product de nucleotidesequentie uit te lezen. Dit maakt het mogelijk om de soortidentiteit vast te stellen op basis van kleine hoeveelheden DNA, bijvoorbeeld afkomstig van restanten van vogels uit een vliegtuigmotor, van stuifmeel verzameld van het lichaam van bijen of van organismen die zo weinig variatie tussen soorten laten zien dat de morfologie geen houvast biedt (schimmels, nematoden, wormen).
De eerste onderzoeker die dit voorstelde was de Canadese ornitholoog Paul Hebert. Hij ontwierp een DNA-barcode voor vogels op basis van een PCR die 749 nucleotiden amplificeert van het gen coderend voor cytochroom c-oxidase, subeenheid I (COI), dat onderdeel uitmaakt van het mitochondriale genoom. Deze sequentie varieert ietwat binnen soorten, maar de variatie tussen soorten is meer dan tien maal zo groot. Het gebruik van COI, ook genoemd “Folmer-regio” naar Ole Folmer die in 1994 de PCR-primers ontwierp, is nu gemeengoed geworden bij vogels.
Bij schimmels wordt meestal een niet-coderend deel (ITS1) in het rRNA-gencluster gebruikt (zie lemma ITS). Bij planten zijn sequenties in het chloroplastgenoom of van het RuBisCO-enzym populair. Bij prokaryoten gebruikt men de variabele delen van het 16S rRNA-gen.
De COI-barcode is ook voorgesteld om de hele boom van het leven te reconstrueren, maar dit is discutabel omdat het mitochondriaal genoom anders evolueert dan het nucleair genoom, vooral bij Arthropoda.
