Biologische species die vanwege grote gelijkenis met een andere species “verborgen” is onder dezelfde naam, maar eigenlijk een aparte status verdient
Bij schimmels, algen, insecten en wormen komt het vaak voor dat er zo weinig morfologische differentiatie is dat er twijfel rijst over de vraag of een bepaalde collectie individuen tot één of tot meerdere soorten gerekend moet worden. Men spreekt dan van een soortencomplex. Als de al dan niet cryptische soorten bovendien nog af en toe met elkaar hybridiseren wordt het helemaal ingewikkeld. Zo zijn de meerkikker en de poelkikker twee aparte soorten maar komt daarnaast een derde “soort” voor (middelste groene kikker) die een hybride is van de andere twee.
Soms kan gedetailleerd morfologisch onderzoek cryptische soorten aan het licht brengen die dan bij een revisie van de groep de volwaardige species-status kunnen krijgen. Maar vaak kan een cryptische soort alleen met behulp van DNA-onderzoek geïdentificeerd worden. Zo bleek uit moleculaire merkers dat de in de bodem voorkomende potworm Cognettia sphagnetorum feitelijk bestaat uit vier cryptische soorten die bovendien verwant zijn aan verschillende cryptische vormen van een andere soort, Cognettia gladulosa. De oorzaak van deze complexe onderverdeling is dat sommige potwormen zich aseksueel vermeerderen door fragmentatie, terwijl andere soorten parthenogenetisch zijn en biseksuele soorten vaak hybridiseren tot polyploïde tussenvormen.
Cryptische soorten kunnen het begin vormen van soortvorming. Door ecologische specialisatie (sympatrisch), of geografische scheiding (allopatrisch) raakt een populatie verdeeld in verschillende groepen die aanvankelijk morfologisch identiek zijn maar na lange tijd reproductief geïsoleerd raken en nieuwe soorten vormen.
Bij het schatten van de mondiale biodiversiteit moet rekening gehouden worden met het grote aantal cryptische soorten in sommige groepen.
