Ontginningsdorp, ontstaan in de 12de eeuw langs een als ontginningsas gegraven wetering.
Een dorpskern met kerk ontstond in de 14de eeuw aan de haaks hierop staande Dorpsstraat/Kerkweg. Berkenwoude had te lijden van een dorpsbrand in 1708. Na de Tweede Wereldoorlog is het dorp aan de westzijde enigszins uitgebreid.