Dorp gesitueerd op de smalle strook grond tussen de polderboezems De Heicop (1395) en De Bijleveld (1413). De vrijwel gesloten bebouwing ligt aan deze beide vaarten.
De tegenwoordige Herv. kerk met kerkhof, waarvan in het midden van de 14de eeuw voor het eerst sprake is, raakte in de loop van de tijd steeds meer ingeklemd en was tenslotte nog slechts via een overbouwde doorgang bereikbaar.Vanwege de goede waterverbindingen met Amsterdam en Utrecht was Kockengen, vooral in de 17de eeuw, een dorp van enige betekenis. In 1958 werd de Bijleveld binnen het dorp deels gedempt. De kern rond de middeleeuwse kerk en enkele boerderijen aan de Wagendijk en de Korte Kerkweg, de overzijden van beide weteringen, zijn in het beschermd dorpsgezicht opgenomen.