Kleine stad, ontstaan aan de monding van de Tjonger en de (Kromme) Linde. In opdracht van de bisschop van Utrecht kwam omstreeks 1165 de eerste motteburcht van Kuinre tot stand, bijna een kilometer ten zuiden van de huidige kern.
Tevens werd toen een nieuwe noord-zuid gerichte monding van de Linde gegraven; langs de aan de westzijde opgeworpen dijk ontstond de nederzetting Kuinre. Door grote stormen, onder andere die van 1170 en 1375, kwam de kustlijn steeds noordelijker te liggen.
Na verovering en verwoesting van de burcht in 1196, door de graaf van Holland, verdwenen de resten uiteindelijk in zee, om pas na de inpoldering van de Noordoostpolder weer zichtbaar te worden. In de 13de en 14de eeuw bezaten de heren van Kuinre het tolrecht op de scheepvaartroute van de IJssel naar Friesland.
Het graafschap Kuinre, waarvan vanaf 1337 sprake was, verleende onder meer in 1367 onderdak aan zeerovers. In 1385 kreeg de nederzetting stadsrechten, maar van echte stedelijke ontwikkeling is nooit sprake geweest.
In 1407 werd het graafschap verkocht aan de bisschop van Utrecht, die in 1416-'21 een nieuwe motteburcht liet bouwen, voorzien van een stenen blokhuis dat uiteindelijk in 1531-'35 werd afgebroken. In 1575 ontstond aan de zuidzijde van de stad een schans, in 1580 overgenomen en versterkt door Sonoy.
In 1672 werden kerk en schans door Munsterse troepen verwoest, waarna de resten van de schans in 1721-'43 in de Zuiderzee verdwenen. De stad zelf werd in 1648, 1666 en 1675 door branden geteisterd.
Na het graven van het haaks op de Linde-monding gelegen Scheepsdiep, in 1743, leefde de handel op, vooral de doorvoerhandel in boter en turf naar Amsterdam.
In 1836 werd ten westen van het stad buitendijks een nieuw kanaal gegraven dat de Tjonger met het Scheepsdiep verbond.
Tot 1940 was de visserij de belangrijkste bron van bestaan in Kuinre. De slechte verbindingen over land met de rest van Overijssel waren omstreeks 1939 aanleiding voor pogingen tot aansluiting bij Friesland.
Dankzij de aanleg van de Noordoostpolder werd Kuinre echter beter bereikbaar. Aan de zuidoostzijde bouwde men na 1947 nieuwe woningen rond een oude kolk (het Vijverpark).
