De voorm. minderbroederskerk (Sint Pieterstraat 5) is een driebeukige basilicale kloosterkerk met vijfzijdig gesloten koor. De minderbroeders vestigden zich in 1234 in Maastricht.
De bouw van de huidige, vrijwel geheel in mergel opgetrokken kerk begon eind 13de eeuw. Het koor en het meest oostelijke deel van het schip kwamen begin 14de eeuw gereed en waren voorzien van stenen gewelven en luchtbogen.
De sporenkap met gestapelde jukken van het koor dateert uit circa 1305 (d). Het schip werd pas eind 14de eeuw voltooid en bij de bouw werden 13de-eeuwse hardstenen zuilen en kapitelen hergebruikt.
De sporenkap van het schip, met toegevoegde gordingen en een nokgording op geschoorde makelaars, dateert uit circa 1392 (d). De gewelven van het schip werden vermoedelijk in de eerste helft van de 15de eeuw geslagen, waarna (circa 1485) luchtbogen werden aangebracht.Van 1640 tot 1867 was in de kerk een wapenarsenaal ondergebracht. De voor dit arsenaal ingebouwde houten tussenvloeren werden verwijderd bij een ingrijpende restauratie in 1877-'85, onder leiding van J. van Lokhorst, met P.J.H. Cuypers als adviseur. Toen is ook de 17de-eeuwse lichtkoepel van de Mariakapel (zuidzijde koor) gesloopt en vervangen door een gewelf in neogotische vormen. Sinds de restauratie vormt de kerk onderdeel van het Rijksarchief. Het interieur wordt gedekt door kruisribgewelven met gebeeldhouwde sluitstenen.
De ronde hardstenen zuilen van het schip zijn voorzien van Maaskapitelen met bladornament en hoekschalken. Er zijn enkele vroeg-16de-eeuwse schilderingen, waaronder een Annunciatie op de scheidingsmuur (oksaal) tussen koor en schip. Tot de inventaris behoren een zwart marmeren gedenksteen in maniëristische vormen voor de medicus en taalkundige Johannes Goropius († 1572) en enkele gebeeldhouwde grafzerken. Van het bijbehorende klooster, dat rond 1485 bestond uit drie vleugels om een pandhof met kruisgang ten zuiden van de kerk, resteren alleen delen van de gevel van de westvleugel en een gereconstrueerd fragment van de oostvleugel (zijgevel Commandantswoning). Na de verbanning van de minderbroeders in 1638 werd het kloostercomplex deels ingericht als protestants weeshuis (tot 1690) en deels als wapenarsenaal (kerk) en militair hospitaal. Van 1798 tot 1917 was het een kazerne.
In de 18de eeuw zijn de vleugels met ingezwenkte mansardedaken aan de westzijde gebouwd. Ten behoeve van het Rijksarchief werden de gebouwen in 1939-'41 gerestaureerd naar plannen van H. de Lussanet de Sablonière. De bouwvallige 15de-eeuwse oost- en zuidvleugel werden gesloopt en de westvleugel werd ingrijpend verbouwd. Een tweede ingrijpende vernieuwing onderging het complex in 1986-'96 naar plannen van M. van Roosmalen, architect van de Rijksgebouwendienst met de bouw van een nieuwe zuidvleugel en de aanleg van een grote drielaagse depotkelder onder de binnenhof.
De bij het kerkkoor gelegen zogeheten Commandantswoning werd waarschijnlijk rond 1680 gebouwd als woning van de hospitaalmeester van het garnizoenshospitaal (tot 1798). In de tijd dat het voormalige klooster dienst deed als kazerne, was het een officierswoning. Het in 1767 al ingrijpend verbouwde pand is gerestaureerd rond 1988.
