De Menkemaborg (Menkemaweg 2) bestaat uit drie evenwijdige bouwdelen met zadeldaken tussen topgevels. De borg wordt omgeven door een gracht, een tuin en een tweede gracht.
De huidige vorm is het resultaat van een aantal bouwfasen. Tot 1400 was het een eenvoudig rechthoekig huis met weerbaar karakter, gesitueerd ter plaatse van het huidige achterste bouwdeel, maar dan iets korter.
Volgens een gevelsteen werd deze borg in 1400 verwoest. Alleen de kelders van de oudste fase resteren nog.
Het opgaand werk van het achterste bouwdeel is waarschijnlijk grotendeels uit de tweede helft van de 16de eeuw. Bij een ingrijpende verbouwing en uitbreiding in 1614 ontstond een U-vormige plattegrond.
De voorzijde van de borg de open zijde van de U-vorm lag aan de noordoostzijde, de huidige linkerzijde. In een van de hoeken op de binnenplaats bevond zich een traptoren.
Kort na de aankoop van de borg door Mello Alberda in 1682 werd de binnenplaats volgebouwd en het muurwerk van de zuidhoek nieuw opgetrokken.Rond 1700 werd naar ontwerp van Allert Meijer een ingrijpende verbouwing van huis en tuin uitgevoerd. In opdracht van Unico Allart Alberda van Menkema en Everdina Cornera van Berum vond een rigoureuze wijziging van de oriëntatie en de interne indeling van de borg plaats, doordat de ingang verplaatst werd naar een zijgevel, de huidige voorzijde. Daar ontstond door beklamping een nieuwe voorgevel. Op het gelijktijdig aangelegde voorterrein verrezen twee kleine, vrijstaande hoektorens met een koepelvormig dak. Aan het eind van de 18de eeuw heeft men een groot aantal vensters met stenen kalf vervangen door schuifvensters.
Rond 1700 kreeg het interieur de nog bestaande indeling, met in het verlengde van de oprijlaan een brede gang met aan weerszijden vertrekken. Aan het eind van de gang heeft men zicht op de tuin. Een groot deel van het meubilair uit omstreeks 1705 is bewaard gebleven, waaronder vier rijk bewerkte schoorsteenmantels naar ontwerp van Allert met snijwerk van Jan de Rijk. Daarnaast bevat de inventaris een schoorsteenstuk van schilder Hermannus Collenius, een bed naar ontwerp van Daniël Marot, een in 1744 door J.A. Wassenberg geschilderd schoorsteenstuk met portret van Unico Allard Alberda II, een beschilderd, ingebouwd buffet en enkele gebrandschilderde ramen van Jacob Tewes (1705). Sinds de restauratie in 1922-'27 naar plannen van A.R. Wittop Koning is de borg als museum in gebruik.
Het uit 1686 stammende schathuis is enkele keren gewijzigd, maar heeft in de asymmetrische top van de toenmalige voorgevel nog kloostervensters met een stenen kalf en een gevelsteen met het bouwjaar.
De door Allert Meijer ontworpen tuin werd later veranderd in een Engelse landschapstuin. In 1921 heeft H. Copijn die tuin gerestaureerd, maar vanaf de jaren zeventig is men bezig de 18de-eeuwse situatie verder te reconstrueren op basis van het ontwerp van Allert Meijer. Links van de borg liggen een boomgaard, moestuin en doolhof, rechts een formele, symmetrisch opgebouwde lusthof met parterres, druivenkas en theehuisje. De twee hoge natuurstenen hekpijlers met vazen aan het begin van de oprijlaan zijn afkomstig van de borg Dijksterhuis in Pieterburen.
Rechts van de oprijlaan bevindt zich een rechthoekige houten duivenslag met zadeldak, rustend op vier houten staanders met schoren. De duivenslag werd in 1980 hier geplaatst en is afkomstig van een boerderij te Uithuizen.
