Kleine stad, ontstaan in de 9de eeuw aan de Zuiderzeekust. Het vroeg-middeleeuwse gedeelte van de nederzetting is bij een overstroming verloren gegaan.
De huidige rechthoekige stadsstructuur, evenwijdig aan de kust, kwam in de 11de en 12de eeuw tot stand langs de Voordelft toen Stavoren zich ontwikkelde tot belangrijke haven- en handelsstad. Stavoren kreeg vóór 1077 stadsrechten en is daarmee de oudste stad van Friesland.
De eerst onder Hollands bestuur staande stad werd in 1414 definitief Fries en trad toen toe tot het Hanzeverbond. Nog in de middeleeuwen kwam er een einde aan de bloeitijd van Stavoren.
Rond 1585 legde men rondom de stad verdedigingswerken aan met een stadspoort, vijf bastions en ten oosten van de Achtergracht tot dan toe de buitengracht van de stad de thans nog aanwezige stadsgracht langs De Schans. Mede door de verdere economische neergang in de loop van de 18de eeuw en 19de eeuw werd een groot deel van de bebouwing in de binnenstad afgebroken.
De in 1883-'85 aangelegde spoorlijn van Leeuwarden naar Sneek en Stavoren sloot aan de noordzijde van de stad aan op het spoorveer naar Enkhuizen. Na de Tweede Wereldoorlog is in het dun bebouwde zuidelijke stadsdeel de open ruimte met nieuwbouw opgevuld en is de stad buiten de stadsgracht aan de oostzijde uitgebreid.
In de jaren zestig zijn aan de zuidzijde de Johan Frisosluis en het J.L. Hooglandgemaal aangelegd, en voor de belangrijk geworden watersport een jachthaven.
Het havengebied aan de noordzijde wordt momenteel heringericht.Stavoren is een beschermd stadsgezicht.
