Stad, waarschijnlijk ontstaan op een terp en in de 8ste eeuw voor het eerst vermeld. De nederzetting groeide dankzij de ligging aan de Zuiderzee (thans IJsselmeer) en de Fliestroom (thans Indijk) uit tot een belangrijke havenstad en kreeg in de 13de eeuw stadsrechten.
Hindeloopen had een kleine vissershaven en fungeerde in de 17de en 18de eeuw als voorhaven van Amsterdam. Aan de noordwestzijde ging een deel van de middeleeuwse stad in zee verloren; sindsdien is de stad aan drie zijden door de Zuiderzee (IJsselmeer) omgeven.
Het oudste gedeelte van de stad bevindt zich bij de Buren. Door de aanleg van de Oude Weide in 1614 en de Nieuwe Weide en de Nieuwestad in 1638 kwam een structuur van evenwijdig lopende straten en waterwegen tot stand.
In de tweede helft van de 17de eeuw legde men aan de oostzijde van de stad een stadswal met bolwerk aan (geslecht in de 19de eeuw). Als gevolg van de economische neergang na circa 1750 werd een gedeelte van de panden afgebroken en ook tussen 1850 en 1940 heeft men een deel van de oude bebouwing gesloopt.
Na de Tweede Wereldoorlog is Hindeloopen aan de zuidzijde uitgebreid en is aan de noordzijde een jachthaven aangelegd. Hindeloopen is een beschermd stadsgezicht.
